原告重庆市酉阳县桃花源旅游发展有限公司(下称桃花源旅游发展有限公司)，机构代码：x-6。
法定代表人彭某,经理。
委托代理人白某某，男，X年X月X日生，土家族，重庆市酉阳土家族苗族自治县人，教师，住（略）。
委托代理人文毅，重庆国彦律师事务所律师。
被告酉阳土家族苗族自治县人民政府。
法定代表人周某，县长。
委托代理人陈某某，酉阳土家族苗族自治县国土资源和房屋管理局公务员。
委托代理人石某，酉阳土家族苗族自治县国土资源和房屋管理局职工。
第三人酉阳土家族苗族自治县房地产开发总公司(下称酉阳县房地产开发总公司）。
法定代表人冉某某，经理。
委托代理人张永华，重庆钧儒律师事务所律师。
原告桃花源旅游发展有限公司诉被告酉阳土家族苗放自治县人民政府土地行政登记一案，原告桃花源旅游发展有限公司于2009年2月16日提起行政诉讼，重庆市第四中级人民法院以（2009）渝四法行初字第X号行政裁定书裁定移送酉阳土家族苗族自治县人民法院审理。本院依法受理后，于2009年5月20日向被告送达起诉状副本、应诉通知书、举证通知书、开庭传票。并于2009年6月30日依法组成合议庭，公开开庭审理了本案，原告桃花源旅游发展有限公司法定代表人彭某及委托代理人白某某、文毅，被告酉阳土家族苗族自治县人民政府的委托代理人陈某某、石某，第三人酉阳房地产开发公司的委托代理人张永华均到庭参加了诉讼，本案现已审理终结。
原告诉称：2003年8月，原告与酉阳县房地产开发总公司签订《合作建设协议书》，原告以酉阳县X镇X街（原农资公司仓库）的土地使用权作价190万元，作为原告出资与第三人酉阳县房地产开发总公司共同开发，被告以酉国用（2004）字第x《国有土地使用权证》变更登记给第三人酉阳县房地产开发公司的行政行为，侵犯了原告的合法权益，请求人民法院依法确认被告的具体行政行为违法。
被告辩称：2003年8月25日,原告与第三人酉阳县房地产开发总公司签订《合作建设协议书》，共同开发农资公司原仓库地盘，并经请示得到主管部门的批准，被告依法收回原划拨土地后，重新采取招拍挂方式，将土地出让给第三人酉阳县房地产开发总公司，并颁发酉国用（2004）字第x号《国有土地使用证》的事实清楚，程序合法，适用法律正确，原告的起诉已超过诉讼时效,请求人民法院驳回原告的起诉。
经审理查明：酉阳县农资公司在企业改制过程中，为了将有效资产剥离出来，成立了桃花源旅游发展有限公司，公司实行一套班子两块牌子进行运作,2003年元月13日原告公司进行变更登记，法定代表人由原来的崔永树变更为田洪兵。为了公司改制运作,经职工代表大会讨论通过,原告以酉农司[2003]X号文向主管部门请示得到同意和批复后，决定开发桃花源（原农资公司仓库）闲置地盘,2003年8月25日,原告桃花源旅游发展有限公司与第三人酉阳县房地产开发总公司签订《合作建设协议书》，合同约定:“将原农资公司仓库的土地使用权作价225万元，用于双方共同开发,在工程结束后,由酉阳县房地产开发总公司按低于市场价格10%，返还原告225万元的房产”。酉阳县房地产开发总公司在取得有关部门的批复和相关手续后，2003年12月2日，酉阳县房地产开发总公司持原告提供的酉国用[2002]字第x号国有土地使用证，向酉阳县国土房屋管理局申请办理建设用地批准书及土地使用权过户，2004年1月18日，酉阳县国土资源和房屋管理局与第三人酉阳县房地产开发总公司签订了渝地（酉）合字（2004）第X号《国有土地使用权出让合同》，合同以出让的形式（实为原告与第三人对该宗土地的协议价），将原告桃花源旅游发展有限公司（原农资公司仓库的土地）5193平方米的土地出让给了第三人酉阳县房地产开发总公司，2004年3月25日，土地主管部门依据酉阳府函[2004]X号批复，注销了农资公司所属桃花源旅游发展有限公司所持酉国用[2002]字第x号国有土地使用证，收回该宗国有土地5193平方米的使用权，同时,被告同意将该宗国有土地7600平方米的使用权，以挂牌方式出让给第三人酉阳县房地产开发总公司，用于修建桃花源小区工程，2004年3月30日，酉阳县国土资源和房屋管理局依据被告作出的酉阳府函[2004]X号批复，将原属桃花源旅游发展有限公司的5193平方米的土地使用权，变更登记给第三人酉阳县房地产开发总公司名下，并由被告颁发了酉国用[2004]字第x号国有土地使用证。2008年10月,原告新任法人代表上任后,加上原企业职工反映大,认为被告的变更登记行为侵犯了公司的合法权益,遂于2008年10月27日,向重庆市人民政府申请复议,市政府以渝府复[2008]X号行政复议决定,认为原告已过法定申请期限,不符合行政复议的受理条件,驳回了原告的申请。原告于2009年2月26日提起行政诉讼，要求确认被告的具体行政行为违法,撤销被告颁发的酉国用[2004]字第x号国有土地使用证。
另查明:第三人酉阳县房地产开发总公司于2008年12月,取得了重庆市商品房重房(酉)预字第(x)号预售许可证,并进行了大量的商品房预售。
本院认为：酉阳县农资公司为了企业改制，剥离有效资产，依法成立了桃花源旅游发展有限公司，该公司对外具有独立的法人主体资格，享有权利义务关系，2003年8月25日，原告在经主管部门批准同意后，与第三人在平等协商，互利双盈的基础上所签订的《合作建设协议书》，属双方当事人真实意思表示，其合同依法成立有效。从合同内容看出，原告方只提供土地使用权，不承担风险，只收取固定收益，按最高人民法院《关于审理涉及国有土地使用权合同纠纷案件适用法律问题产解释》第24条之规定，该合同实质上是土地使用权转让合同。被告以酉阳府函[2004]X号批复，同意收回该宗国有土地原有的使用权，将原属划拨取得的国有土地使用权，挂牌出让给第三人开发使用。虽然土地主管部门未经招拍挂形式,直接以原告与第三人之间的协议价格进行出让，存在程序瑕疵,但不影响被告的行政登记行为的成立,如原告认为被告的登记行为侵犯了自己的合法权益受,应在法定期间内行使诉权，当诉讼时效届满后，权利人行使请求权的，人民法院不再予以保护，因此，原告的起诉已超过诉讼期限，其请求权失去了有效的保护期。所以，被告依程序颁发给第三人的酉国用[2004]字第x号国有土地使用证。事实清楚，证据充分，程序合法，无超越职权和滥用职权，原告要求确认被告颁证程序违法、撤销行政登记行为的理由不能成立，其诉讼请求，本院不予支持。据此，依照《最高人民法院关于执行若干问题解释》第四十四条第（六）项之规定，裁定如下：
驳回原告重庆市酉阳县桃花源旅游发展有限公司的起诉。
案件受理费50元，由原告重庆市酉阳县桃花源旅游发展有限公司承担。
如不服本裁定，可在裁定书送达之日起十日内，向本院递交上诉状，并按对方当事人的人数提出副本，上诉于重庆市第四中级人民法院。
审判长黄云久
审判员冯光荣
审判员林长志
二00九年八月十日
书记员杨琴
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