上诉人（原审被告）河南经发置业有限公司。住所地（略）。
法定代表人田某某，执行董事。
委托代理人黄某新，河南天新律师事务所律师。
委托代理人唐金华，河南天新律师事务所律师。
被上诉人（原审原告）河南省第一建筑工程集团有限责任公司。住所地（略）。
法定代表人佘某某，董事长。
委托代理人曹立东，河南千益律师事务所律师。
委托代理人刘东海，河南千益律师事务所律师。
河南省第一建筑工程集团有限责任公司（以下简称一建公司）诉河南经发置业有限公司（以下简称经发置业）建筑工程施工合同纠纷一案，一建公司于2007年5月31日向郑州市中级人民法院提起诉讼，请求判决，1、经发置业支付工程款1068.16万元及逾期违约金333.55万元,以上合计1401.71万元;2、经发置业返还质量保证金50万元及逾期返还违约金15.80万元,以上合计65.80万元。在一审诉讼过程中，一建公司变更诉讼请求，1、要求经发置业支付工程款x.48元及2003年6月4日起至法院生效判决确定的付款期限止的违约金；2、要求经发置业返还质量保证金50万元及2003年5月16日起至法院生效判决确定的付款期限止的违约金；违约金均要求按日万分之二点一计算。郑州市中级人民法院于2008年7月15日作出（2007）郑民一初字第X号民事判决。经发置业不服原判，向本院提起上诉，本院于2008年10月27日受理后依法组成合议庭，并于2009年元月13日公开开庭审理了本案，经发置业的委托代理人黄某新、唐金华，一建公司的委托代理人曹立东、刘东海均到庭参加诉讼。本案现已审理终结。
原审法院查明：一建公司与经发置业于2001年6月13日签订《建设工程施工合同》一份，合同约定：经发置业将所开发的位于郑州市X路X路交叉口的郑州市新华苑小区X#住宅楼工程交一建公司承包施工；工程承包范围为施工图所包含的土建及水电安装工程，不包含弱电、消防系统、电梯及其它设备安装等工程；工期为2001年6月19日至2002年8月16日；合同价款暂定2200万元。组成合同的文件包括：1、本合同协议书；2、中标通知书；3、投标书及其附件；4、本合同专用条款；5、本合同通用条款；6、标准、规范及有关技术文件；7、图纸；8、工程量清单；9、工程报价单或预算书。双方有关工程的洽谈、变更等书面协议或文件视为合同的组成部分。
本合同专用条款和通用条款约定：通用条款第25条工程量的确认约定，第25.1承包人应按专用条款约定的时间，向工程师提交已完工程量的报告。工程师接到报告后7天内按设计图纸核实已完工程量（以下简称计量），并在计量前24小时通知承包人，承包人为计量提供便利条件并派人参加。承包人收到通知后不参加计量，计量结果有效，作为工程价款支付的依据。25.2工程师收到承包人报告后7天内未进行计量，从第8天起，承包人报告中开列的工程量即视为被确认，作为工程价款支付的依据。工程师不按约定时间通知承包人，致使承包人未能参加计量，计量结果无效。专用条款第23条约定：本合同价款采用可调价格合同方式确定；采用可调价格合同，合同价款调整方法为施工图预算加现场签证，以实决算；双方约定合同价款的其他调整因素执行通用条款第23.3条。专用条款第26条约定工程款（进度款）支付方式见补充条款，支付时间执行通用条款第26条。通用条款第26条工程款（进度款）支付约定：26.1在确认计量结果后14天内，发包人应向承包人支付工程款（进度款）。按约定时间发包人应扣回的预付款，与工程款（进度款）同期结算。26.2本通用条款第23条确定调整的合同价款，第31条工程变更调整的合同价款及其他条款中约定的追加合同价款，应与工程款（进度款）同期调整支付。26.3发包人超过约定的支付时间不支付工程款（进度款），承包人可向发包人发出要求付款的通知，发包人收到承包人通知后仍不能按要求付款，可与承包人协商签订延期付款协议，经承包人同意后可延期支付。协议应明确延期支付的时间和从计量结果确认后第15天起计算应付款的贷款利息。通用条款第31.3条约定：工程师应在收到变更工程价款报告之日起14天内予以确认，工程师无正当理由不确认时，自变更工程价款报告送达之日起14天后视为变更工程价款报告已被确认。通用条款第33.3条约定：发包人收到竣工结算报告及结算资料后28天内无正当理由不支付工程竣工结算价款，从第29天起按承包人同期向银行贷款利率支付拖欠工程价款的利息，并承担违约责任。
合同补充条款约定：一建公司在决算总价基础上优惠经发置业2.2％（不含护坡、防水等经发置业指定价格所有项目）；付款办法：经发置业在工程进度达到主体三层结顶后，开始支付四—五层90％的工程款作为预付款，以后每二层支付一次，结顶后每月支付一次，均按完成工作量90％支付，到工程竣工时，支付总工程款不低于90％；工程竣工办理决算后，总工程款应支付到97％，剩余3％工程款作为工程保修金，自竣工之日起一年期满后返还；工程竣工经国家有关部门验收合格后，若达到市级优良工程，经发置业在一个月内一次性无息返还一建公司质保金50万元，达到省优良工程，除返还全部质保金外，经发置业另付现金30万元作为质量奖奖励给一建公司，若达不到市优良工程，则扣除一建公司全部质保金；安全文明施工费按郑州市建委（1999）X号文。按合同垫资到主体三层结顶，若经发置业未按合同付款，一建公司有权将已施工的工程连同土地使用权进行全权处理，以抵所投资的工程款项，并由经发置业承担全部责任，并且赔偿由此给一建公司造成的全部损失。施工用水及用电按表实际用量计算，单价按自来水公司和电业局制定的价格为准。
在合同签订前的2001年2月14日、2月20日，一建公司分两次向经发置业交纳了质量保证金共50万元。
合同签订后，一建公司即组织人员进场施工，而工程中的塑钢门窗、防水、通风项目，经发置业分包给了其他单位施工，新华苑3#楼工程于2003年3月28日竣工。同年4月16日，郑州市重点建设工程质量监督中心下发郑重监优[2002]第X号优良工程证书，该优良证书显示：河南省一建公司承建的郑州新华苑小区X#楼工程（框架结构X层，建筑面积x平方米），经质量验评，核定为优良工程。同年5月6日，一建公司将工程竣工决算报告交给经发置业工作人员胡海明，经发置业一直未提出确认或修改意见。
此外，一建公司还为经发置业承建了2#和3#楼之间地下车库，并承建了经发置业的售楼部，售楼部造价为x元。
一建公司投标郑州新华苑小区X#楼工程的预算总金额为x.25元，经发置业认可该工程的预算总金额为合同确定的2200万元；一建公司在施工过程中，经发置业提供了钢筋等建筑材料，双方认可这些钢筋等建筑材料价值约180万元。经对账，双方认可在一建公司施工过程中和工程竣工后，经发置业共计支付一建公司工程款1277万元。
原审在审理本案过程中，因双方当事人对一建公司施工的新华苑3#楼工程部分工程量变更后，相应变更部分的工程造价和原工程预算编制书相比的增减额、新华苑2#—3#楼之间地下车库的造价、新华苑3#楼工程中，塑钢门窗、防水、通风项目在原工程预算编制书中的工程预算造价及其中的工程直接费、相应的定直费、配合费存在分歧，经一建公司申请，双方同意，原审委托河南瑞祥会计师事务所有限公司进行司法鉴定，河南瑞祥会计师事务所有限公司作出豫瑞祥[2008]司建价鉴字第X号司法鉴定报告，工程造价鉴定结果为：（一）新华苑3#楼工程部分工程量变更后，相应变更部分的造价和原工程预算编制书相比工程造价增加x.88元；其中：图纸会审x.64元；设计变更x.77元；技术核定单x.26元；安装工程费用签证x.67元；原预算土地税、安全文明施工费x元；53页工程费用签证单x.54元。（二）新华苑3#—2#楼之间地下车库的造价（含开挖土方）为x.25元；（三）鉴定说明：新华苑3#楼工程中，塑钢门窗、防水、通风三个项目在原工程预算编制书中的工程预算造价为x.90元；其中的工程直接费为x.47元，定直费为x.23元，配合费为x.87元。
2007年5月28日，郑州市解决建设领域拖欠工程款工作领导小组出具情况说明一份：2003年年底，河南省第一建筑工程有限责任公司按照国家有关清欠政策，在国家建设部建设信息网上申报了经发置业新华苑3#住宅楼拖欠其工程款约800万元（现中国工程建设信息网上仍能查询）。此后该公司历年都向我办投诉其拖欠情况，要求市清欠办督促其偿还欠款。经我办多次协调，经发置业以工程未决算、存在纠纷和争议为由拒绝偿还拖欠的工程款项。2007年4月18日，市清欠办下发通知，要求市房管局对该案件作为重点拖欠案件进行挂牌督办。原审在审理本案过程中，经发置业对该情况说明提出异议，并要求鉴定。为此，原审法院就该“情况说明”的真实性向郑州市解决建设领域拖欠工程款工作领导小组办公室工作人员进行调查，郑州市清欠办出具了“情况属实，该情况说明系我单位出具”的意见。
原审另查明，一建公司单位名称原为河南省第一建筑工程有限责任公司，后变更为河南省第一建筑工程集团有限责任公司。
原审法院认为：双方签订的建设工程施工合同系双方真实意思表示，不违反法律和行政法规的禁止性规定，为有效合同。
经发置业提出一建公司起诉时已超过诉讼时效，经调查，郑州市解决建设领域拖欠工程款工作领导小组办公室证明，一建公司就经发置业拖欠工程款问题，曾向该机构反映，该机构也多次与经发置业有限公司进行协调，要求经发置业给付工程欠款，故一建公司的起诉并不超过诉讼时效。一建公司在合同签订后组织人员进场施工，工程已经验收并交付使用；另外，一建公司还为经发置业建设临时售楼部和2#楼—3#楼之间的地下出库一座，均已竣工验收并交付使用，对上述工程的工程价款，经发置业至今没有足额及时支付，其应承担给付欠款和支付利息的违约责任。
经发置业欠一建公司的工程价款总额包括三个部分，即新华苑3#楼工程款欠款部分、新华苑小区售楼部工程款及新华苑2#—3#楼之间的地下车库工程款。对新华苑3#楼现场变更签证部分涉及的工程造价，经发置业分包出去的塑钢门窗、防水、通风项目的工程造价和配合费取费，新华苑2#—3#楼之间的地下车库工程款数额等问题，经双方同意，原审委托河南瑞祥会计师事务所有限公司作出豫瑞祥[2008]司建价鉴字第X号司法鉴定报告。对河南瑞祥会计师事务所有限公司作出豫瑞祥[2008]司建价鉴字第X号司法鉴定报告，经发置业认为在鉴定过程中，鉴定机构没有向经发置业收集有关工程资料、勘察现场等材料以作为鉴定的依据，鉴定程序违法；鉴定结论内容失实。原审法院认为，原审移交给鉴定机构的相关材料均经过了庭审质证，鉴定资料的移送和鉴定的程序是合法的，对该鉴定意见书的鉴定意见，予以采信。
关于新华苑3#楼的工程价款，双方所签3#楼《建设工程施工合同》约定“合同价款调整方法为施工图预算加现场签证，以实决算”。原审法院在审理本案过程中，经发置业认可新华苑3#楼工程的预算金额为2200万元，原审对该预算金额予以采信；对现场变更签证部分，豫瑞祥[2008]司建价鉴字第X号司法鉴定报告的结论为：（一）新华苑3#楼工程部分工程量变更后，相应变更部分的造价和原工程预算编制书相比工程造价增加x.88元；其中：图纸会审x.64元；设计变更x.77元；技术核定单x.26元；安装工程费用签证x.67元；原预算土地税、安全文明施工费x元；53页工程费用签证单x.54元。（二）新华苑3#楼工程中，塑钢门窗、防水、通风三个项目在原工程预算编制书中的工程预算造价为x.90元；其中的工程直接费为x.47元，定直费为x.23元，配合费为x.87元。根据双方认可的工程预算金额、该鉴定结论并考虑经发置业在一建公司施工过程中向一建公司提供了钢筋等建筑材料价款180万元，工程款优惠前的新华苑3#楼工程总造价为x.28元（预算价x元+工程量变更后工程造价增加部分x.88元+塑钢门窗、防水、通风三个分包项目配合费x.87元-塑钢门窗、防水、通风三个分包项目工程直接费x.47元-经发置业提供的钢筋等建筑材料价款x元）。因双方签订的合同补充条款中约定一建公司在决算总价基础上优惠经发置业2.2％，优惠后的新华苑3#楼工程总造价为x.55元；因双方认可经发置业已支付一建公司工程款1277万元，扣除该款项后，经发置业在新华苑3#楼工程中还欠一建公司工程款x.546元。
需要说明的是，豫瑞祥[2008]司建价鉴字第X号司法鉴定报告鉴定结果第（一）项中“53页工程费用签证单x.54元”的鉴定依据即53页工程费用签证单。该53页工程费用签证单均为复印件，且没有经发置业、监理单位、设计单位印章，原审认为该“53页工程费用签证单”涉及的工程量变更致使工程款增加x.54元应作为工程量变更增加的工程款。理由如下：1、一建公司在施工过程中，为与经发置业交换施工资料制作了发文登记表，发文登记表显示53页工程费用签证单或者已由经发置业驻工地工作人员胡海明签收，或者已由监理单位工作人员签收。由于监理单位系经发置业委托，《建设工程监理规范》有关条款规定监理单位工作人员可以代为签收并审核承包单位的申请。故原审认定，经发置业收到了一建公司提交的53页工程费用签证单，即53页工程费用签证单的原件在经发置业处；2、鉴于一建公司提供的53份工程变更签证单复印件的编号或目录和《发文登记表》上注明的签证单编号或目录是一致的，而经发置业在原审法院审理本案和进行司法鉴定过程中不向法院提交由其持有的该53页工程量变更签证单原件，根据《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》第七十五条的规定，原审法院认定53份工程变更签证单复印件的真实性,认为一建公司提出的以其提供的53份工程变更签证单复印件作为鉴定依据的主张成立；3、根据双方合同通用条款第25.2关于“工程师收到承包人报告后7天内未进行计量，从第8天起承包人报告开列的工程量即视为被确认，作为工程价款支付的依据”的约定，该53份工程变更签证单显示的工程量亦应当视为被确认。原审法院认为，豫瑞祥[2008]司建价鉴字第X号司法鉴定报告鉴定结果中“53页工程费用签证单x.54元”应作为一建公司工程款的一部分。
关于新华苑小区售楼部工程款，因经发置业驻工地工作人员胡海明书写的书面证明认可售楼部预算造价为x元，该价款经发置业应予支付。
关于新华苑2#—3#楼之间的地下车库工程款，豫瑞祥[2008]司建价鉴字第X号司法鉴定报告鉴定结果为新华苑2#—3#楼之间的地下车库的造价（含开挖土方）x.25元：其中地下车库土方x.19元，地下车库主体x.23元，全部地下室桥架安装x.83元。经发置业在对豫瑞祥[2008]司建价鉴字第X号司法鉴定报告地下车库部分的鉴定结果质证时认为，地下车库土方开挖工程是其他单位施工，并不是一建公司施工，土方开挖部分的工程价款应予扣除。原审要求经发置业对地下车库土方开挖工程是否是其他单位施工限期举证，经发置业在规定的举证时限内未提供相关证据，对该辩称意见不予支持。原审对新华苑2#—3#楼之间的地下车库的工程造价（含开挖土方）x.25元予以认定。
综上，经发置业下欠一建公司工程款共计x.8元。
关于逾期支付工程款的利息计算。因经发置业于2003年5月6日收到一建公司提交的竣工结算报告和结算资料，根据双方所签建设工程施工合同第33.2条、第33.3条的约定内容，结合补充协议约定的3％工程款作为工程保修金，自竣工之日起一年期满后返还的约定。工程款本金中的97％即x.1元应于经发置业收到决算报告29天起即2003年6月4日开始支付并按同期银行贷款利率支付拖欠工程价款的利息；作为工程保修金的3％工程款即x.69元应于自竣工之日2003年3月28日起一年期满后即2004年3月28日开始支付并按同期银行贷款利率支付拖欠工程价款的利息。
关于保证金返还问题。双方签订的合同补充条款约定：工程竣工经国家有关部门验收合格后，若达到市级优良工程，经发置业在一个月内一次性无息返还一建公司质保金50万元。新华苑3#楼被评定为市级优良工程的日期为2003年4月16日，经发置业未在合同约定的返还日期内返还一建公司质保金50万元，其应返还50万元质保金并于2003年5月16日开始按同期银行贷款利率计算和支付50万元的利息。
综上，原审根据《中华人民共和国合同法》第八条、第四十条、第六十条、第一百零七条、第二百七十二条第（一）款之规定；判决：1、河南经发置业有限公司于本判决生效后十日内支付河南省第一建筑工程集团有限责任公司工程款x.8元及利息（其中x.1元工程款利息自2003年6月4日起计算至本判决生效之日止；x.69元工程款的利息自2004年3月28日起计算至本判决生效之日止，利率均按同期银行贷款利率）。2、河南经发置业有限公司于本判决生效后十日内返还河南省第一建筑工程集团有限责任公司质保金x元和利息（利息自2003年5月16日起按同期银行贷款利率计算至本判决生效之日止）。案件受理费x.16元，由河南省第一建筑工程集团有限责任公司负担4414.21元，河南经发置业有限公司负担x.95元。诉讼保全费5000元，鉴定费x元，均由河南经发置业有限公司负担。
经发置业不服该判决，向本院上诉称：1、原审认定一建公司诉讼请求不超过诉讼时效错误。理由是：（1）工程于2003年竣工，一建公司收到1277万元工程款是2004年3月31日，其后直到本案诉讼之前，一建公司从未向经发置业主张权利，本案已经超过二年诉讼时效期间，其诉讼主张不应得到法律支持。（2）“郑州市解决建设领域拖欠工程款工作领导小组办公室”不是独立的机构，不具有出具证明的资格；该机构从未和经发置业联系过；因此，该机构出具的证明不能作为认定本案不超过诉讼时效的依据。如果原审认定本案不超过诉讼时效，那么一建公司也只能主张800万元，其余部分不应得到支持。2、原审程序违法。（1）原审开庭程序不完整，在法庭调查后，其它程序没有再进行，剥夺了当事人的诉权，且在第二次开庭时，均是由本案审判长一人审理。（2）原审法院委托鉴定程序违法。鉴定结论出来后，双方均对鉴定结论提出异议，经发置业提交了要求重新鉴定的书面申请，可原审法院在未给予任何答复和再次开庭的情况下，径直下达判决，程序违法。（3）原审的判决内容超出一建公司的诉讼请求，对一建公司没有在起诉书和诉讼请求变更申请书中提及的售楼部进行判决不当。3、原审认定事实错误，适用法律不当。（1）原审法院曲解了合同双方约定的工程款结算方式，系认定事实错误。理由，原审法院将经发置业与一建公司在合同中约定的“合同价款的调整方法为施工图预算加现场签证，以实结算”，简单的认定为预算金额+现场签证，并将协议书中合同价款金额“暂定2200万元”认定为预算金额，是对合同第三部分第六条合同价款与支付中明确约定“本合同价款采用可调价格合同”方式确定，最终是“以实结算”的曲解。因合同价格事先不能确定，双方才在专用条款中注明“以实结算”。专用条款效力要高于协议的效力，且经发置业从没有认可2200万元是预算金额。因此，原审法院的认定与双方当事人签订协议时对工程款以实结算的本意相违背。（2）新华苑X号楼未进行工程竣工决算，经发置业从未收到一建公司的工程竣工结算报告，原审法院对一建公司主张工程已决算属认定事实错误，既然工程没有结算，原审判决让经发置业承担违约责任就没有法律和事实依据。（3）河南瑞祥会计事务所作出的豫瑞祥[2008]司建价鉴字第X号司法鉴定结论不能作为支付工程款的依据。该鉴定机构的鉴定人员没有鉴定资格；鉴定机构超越范围进行鉴定；鉴定的依据不足，在原审期间，一建公司提交的证据大部分没有得到经发置业的认可，但该证据却被鉴定单位作为鉴定依据使用，鉴定结论显失公平。（4）在原审中，经发置业提出了根据合同约定应扣除经发置业代为缴纳的供水供电款，但原审却未予认定。同时对经发置业的供材款也没有全部认定，予以扣减。综上，请求二审法院依法改判驳回一建公司的诉讼请求或撤销原判发回重审。
一建公司答辩称：1、一建公司的起诉并不超过诉讼时效。首先，郑州市解决建设领域拖欠工程款工作领导小组办公室是当地政府负责建设领域工程款拖欠投诉和督促义务人付款的专门性临时机构，符合《最高人民法院关于贯彻执行[民法通则]若干问题意见》第174条规定的其他有关部门的条件，并且该机构具有独立的印鉴，应当具备证明资格。一建公司向该机构投诉即应当产生诉讼时效中断的法律后果。其次，经发置业称主张权利应向权利义务相对方直接主张的理由没有法律依据。再次，一建公司向该机构投诉的欠款数额是双方没有进行决算的估计数额，不能作为欠款的准确数据，法院认定的欠款数额以双方认可的预算金额加工程量变更后增加的金额为准是符合合同约定和法律规定的。2、原审程序合法。首先，原审在法庭质证阶段已经对有关证据和问题进行了充分的质证和辩论，属于审判实践中常采用的质辩合一的庭审方式，并不违反法律规定。其次，原审中一建公司提交法庭的证据中有经发置业工作人员出具的关于售楼部直接进入决算的书面证据，对此没有必要再进行司法鉴定，法院对该项目也没有委托鉴定。一建公司诉讼请求的金额中也包含该内容，因此，法院判决内容并没有超越当事人的诉请，经发置业的该上诉理由不能成立。再次，经发置业认为鉴定程序违法，鉴定结论失实没有依据。在对鉴定机构的选择上，原审选定的鉴定机构是双方代理人共同选定后由法院委托。司法鉴定结论应作为支付工程量变更后增加工程款的依据。经发置业认为鉴定机构的鉴定人员无鉴定资格没有事实依据；鉴定机构作为鉴定依据的有关资料，除“53页工程费用签证单”外，都是原件且经过了法庭质证；地下车库的资料在一建公司提供的11页隐蔽工程记录中都有显示，也有经发置业工作人员的签字，鉴定机构依据相关资料进行鉴定，法院依据这些证据认定地下车库为一建公司建造且应由经发置业支付相应工程价款合理合法，因此，经发置业认为鉴定违反法定程序没有依据；“53页工程费用签证单”虽然为复印件，但从一建公司提供的发文登记本上显示的签证单编号或者项目内容和这些复印件能够相互印证，经发置业在庭审中拒不提供原件，应当承担不利后果。鉴定过程中，原审虽然对鉴定机构出具过鉴定要求，但并非要求鉴定机构按照未经质证的证据作出鉴定，而是要求鉴定机构按照委托事项鉴定，并告知鉴定机构是否作为判决依据由法院裁决。3、原审认定事实正确。首先，原审判决认定的工程款决算方式为预算价款加上工程量变更后新增加的价款符合双方合同约定，一建公司的证据显示工程预算金额为x.25元，但经发置业在庭审中认可预算金额为2200万元，原审法院按照较低的金额予以认定，一建公司也表示认可，经发置业在上诉中称从未认可预算金额为2200万元不是事实。经发置业在上诉中主张应当扣除代缴的水电费，但在原审中拒绝提供代缴的证据；在原审中双方已经认可其供材价值180万元，在没有其它新证据证明的情况下，应以双方认可的数额为准。综上，经发置业的上诉理由不能成立，应驳回上诉，维持原判。
根据双方当事人的诉辩意见，并经双方当事人同意，本院确定本案的争议焦点是：1、原审程序是否恰当2、原审认定事实是否有误。
二审查明事实与一审查明事实相一致。本院另查明：1、本案一审第一次庭审笔录显示，经发置业认可收到一建公司的决算书，但其对决算总额有异议；本案一审第二次庭审笔录显示，一建公司诉讼请求的工程款中包含售楼部x元。2、在本案二审庭审后，针对经发置业提出的鉴定单位鉴定人员资质问题，本院要求鉴定单位出庭说明情况，鉴定单位也出庭接受了双方质询。针对双方质询内容，鉴定单位在2008年2月18日，向本院出具情况说明：证明河南省瑞祥会计师事务所有限公司注册造价工程师宋志昭的执业资格印章（截止期：2007年12月）续期造价工程师的新印章（截止期：2009年12月）于2008年5月下达。河南省建设厅在该情况说明上盖有印章并注明“情况属实”字样。3、本院在2009年3月25日传票通知经发置业和一建公司到庭对地下车库工程和水电费问题进行调查，经发置业未到庭。
本院针对二审焦点问题，分别评判如下：
1、关于原审程序是否恰当问题。本院经审查认为，本案在原审第一次庭审时，合议庭成员均参加了本案的庭审活动。庭审中，双方当事人也围绕本案焦点充分发表了自己的意见。庭审结束后，双方当事人也均在庭审笔录上签字。虽然原审第一次庭审后又组织双方进行了另外二次庭审和一次询问，但这些庭审活动均是针对一建公司增加的诉讼请求和法院依职权调取的证据及鉴定问题进行的调查，是对第一次庭审活动的补充，对此，各方当事人在调查期间对调查人员的组成及调查程序均未表示异议，并在调查笔录中签字确认，因此，原审并不存在庭审程序不完整，剥夺当事人诉权的问题，经发置业的该上诉理由不能成立。鉴定机构的选择是由人民法院的司法技术部门组织双方进行，在鉴定机构的选择上，双方当事人均可以发表意见，但双方在鉴定时对法院选定的鉴定机构均没有提出异议，同意进行鉴定。鉴定结论作出后，鉴定机构又出庭接受了双方当事人的质询，经发置业认为鉴定违反法定程序没有向其调取证据缺乏事实依据，其该主张不予支持。对经发置业提出的原审法院在没有对其重新鉴定申请答复的情况下，直接进行判决是否适当的问题，本院认为，当事人的申请是否采纳，需要经法院审查，符合重新鉴定的条件后才能进行。原审法院认为不符合重新鉴定条件，直接依据鉴定结论作出判决也并无不当。因此，经发置业该上诉理由不能成立。关于经发置业认为原审判决内容超出了一建公司的诉请范围问题。本院经审查认为，虽然一建公司在起诉状及诉讼请求变更申请书中没有显示有售楼部价款的内容，但在庭审中一建公司对工程款的具体构成已经作了详细的陈述，工程款中包含售楼部的工程款x元。因此，原审作出经发置业应支付售楼部价款的认定并没有超出一建公司的诉请范围，经发置业的该上诉理由也不能成立。
2、关于原审认定事实是否有误的问题。
本院认为，双方于2001年6月18日签订的《建设工程施工合同》系双方真实意思表示，且内容并不违反法律的强制性规定，合同合法有效，应受到法律的保护。对于生效的合同，双方应按合同约定的内容，积极履行各自的义务，如一方违约，则应当承担相应的违约责任。
对于经发置业在上诉中提出本案已经超过诉讼时效的问题。本院认为，本案并不超过诉讼时效，根据最高人民法院《关于贯彻执行中华人民共和国民法通则若干问题意见》第174条的规定，一建公司已经向郑州市解决建设领域拖欠工程款领导小组办公室反映情况，要求经发置业支付工程款，该机构也多次与经发置业进行协调，应引起诉讼时效的中断，经发置业认为已超诉讼时效的上诉理由不能成立。对于经发置业上诉中提出的即使本案不超过诉讼时效，也应该按一建公司向清欠办主张的数额支付工程款的理由，本院认为，虽然一建公司当时主张的只有800万元，但由于双方没有进行最终决算，该800万元只是概算，并不确切，工程款还应按照双方合同的约定，对工程款进行最终决算后确认。
对于工程款的决算方式问题。经发置业认为应据实结算，而双方的《建设工程施工合同》约定“合同价款调整方法为施工图预算加现场签证，以实决算”，也即预算加变更。本院认为，经发置业的上诉理由与双方合同的约定并不矛盾，预算加变更，同样为据实结算。经发置业在原审庭审中，已经认可新华苑3#楼工程的预算金额为2200万元；原审根据当事人的申请，对工程变更部分委托司法鉴定部门进行鉴定，并按照双方的约定计算工程价款正确。
对于经发置业认为双方没有进行决算，其并不存在违约的问题。经查，双方在第一次庭审中，经发置业已经认可收到了决算报告，二审中其对在原审中的自认予以否认，又没有提供新的证据来否认其在原审中的陈述，故经发置业的该上诉理由也不能成立。
对经发置业在上诉中提出鉴定机构的鉴定人员没有鉴定资格；鉴定结论显失公平、公正，鉴定机构超越范围进行鉴定；鉴定的依据不足，鉴定结论不能作为认定给付工程款依据的问题。经查，鉴定机构及鉴定人员均有鉴定资质，虽然鉴定负责人宋志昭的工程造价师资格截止日期为2007年12月，但河南省建设厅在鉴定部门出具的情况说明上所注明的内容可以证明，鉴定期间宋志昭之所以没有新的资质证书，是因为行政部门对资质证书审验换发所致，因此，本院认为鉴定单位的鉴定人员在鉴定资质方面不存在问题。对于豫瑞祥[2008]司建价鉴字第X号司法鉴定结论能否作为支付工程款的依据问题。本院认为，豫瑞祥[2008]司建价鉴字第X号司法鉴定结论，应作为认定支付变更部分工程款的依据。理由：（1）对于鉴定材料，经发置业在庭审中只是认为没有经发置业签字的证据材料其不予认可，但没有提供相反的证据予以反驳，原审已经告知双方如有新的证据可以提交，但经发置业没有在规定的时间内提交，系自己放弃权利，应承担相应的法律责任。鉴定机构的鉴定结论是依据双方在庭审活动中经过质证的证据材料作出的；鉴定作出后，鉴定单位在原审庭审中也出庭接受了质询，因此，鉴定机构在鉴定程序及依据上均无不当。（2）鉴定机构是利用自己的专业技能对某一领域的相关问题进行的鉴定，具有一定的权威性、专业性。在没有其它相反证据证明鉴定结论不能使用的情况下，鉴定单位依据经过质证的材料作出的鉴定结论应作为定案的依据。（3）鉴定机构对“53页工程费用签证单”所涉及的工程量变更所作的鉴定，是依据原审法院的委托进行的，并不存在超越鉴定范围代替法院认定案件的事实。原审法院因何依据“53页工程费用签证单”作出经发置业应支付该内容项下的款项，在原审判决书中已经进行了充分的论述，本院认为，原审法院认定准确、说理充分，应予支持，不再赘述。（4）在原审中，一建公司已经提供隐蔽工程验收记录11页和地下车库施工图一套，证明地下车库为一建公司所建。经发置业认为地下车库图纸为复印件，且地下车库土方的开挖是第三人施工，并在二审中提供了施工人的证明。比较双方的证据，一建公司提供证据的证明力要高于经发置业提供证据的证明力。原审判决依据鉴定结论作出经发置业应支付地下车库工程款正确。
对经发置业提出的供水、供电费用以及供材，应在工程款中扣减的问题，本院认为，经发置业提供的水、电费票据上显示的费用应否由一建公司承担，双方在合同中没有约定。该笔费用是否为一建公司在施工过程中产生，经发置业没有证据证明，一建公司对该笔费用又不予认可。故，在没有合同依据，又没有其它证据能够证明应由一建公司承担的情况下，本院对其主张不予支持。对经发置业的供材是否应该在工程款中扣减，本院认为，一建公司如果接收了建筑材料，就应该在工程款中扣除。经发置业在二审中提供了大量购买材料的票据，但一建公司是否收到该材料，经发置业没有提供证据证明，一建公司自认收到材料折价180万元，对该自认应予以确认。
对于经发置业提出的工期延期213天，应按合同约定在工程款中扣除69.3万元的主张。本案所涉工程在施工过程中存在工程变更问题及逾期付款的行为，故，工程工期应予顺延，经发置业仍按合同约定工期要求认定工程延期213天并予以扣款本院不予支持。
综上，本院认为，上诉人经发置业的上诉理由均不能成立，原审认定事实清楚，适用法律正确，处理适当。依照《中华人民共和国民事诉讼法》第一百五十三条第一款第（一）项之规定，判决如下：
驳回上诉，维持原判。
如果未按本判决指定的期间履行给付金钱义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百二十九条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。
二审案件受理费x.16元，由河南经发置业有限公司负担。
本判决为终审判决。
审判长王波
代理审判员田某龙
代理审判员张黎东
二○○九年四月十八日
书记员张天艳
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