原告：某某研究所，住所地×××。
法定代表人：倪某，所长。
委托代理人：阮某某，湖南XX律师事务所主任律师。
被告：某某，住所地×××。
法定代表人：陈某，公司董事长。
委托代理人：翟某某，湖南XX律师事务所主任律师。
委托代理人：周某某，湖南XX律师事务所律师。
原告某某研究所诉被告某某合作开发房地产合同纠纷一案，原告于XXXX年XX月XX日向本院起诉，本院受理后，由审判员游XX担任审判长，与审判员熊XX、人民陪审员王XX组成合议庭，于XXXX年XX月XX日对本案公开开庭进行了审理。原告某某研究所的法定代表人倪某、委托代理人阮某某、被告某某的法定代表人陈某、委托代理人翟某某、周四清均到庭参加诉讼，本案现已审理终结。
原告某某研究所诉称：2005年2月20日、2007年9月14日，原、被告双方订立《合作开发合同书》及《补充协议》各一份，约定原告将某某路二段84、X号大院的约4.15亩土地作为参与被告合作开发楼宇的基本条件。被告负责建设办公楼、住宅楼各一栋。原告在最多承担160万元的土地出让金的基础上，获得办公楼地上第5至X层共8个整层，面积约为x.44平方米的房屋和±0.000以下部分不少于1000平方米的车库。2007年9月17日，双方签订《赔偿协议》一份，约定被告一次性赔偿原告违约金20万元。2008年6月14日,双方又签订《协议书》一份，约定：1、某某于2008年6月16日前向计生所支付2728.8万元履约保证金,以此保证原告应得利益的及时实现；2、某某应在2008年11月30日之前办理土地转让过户手续。2010年6月2日双方又签订《协议书》一份，约定：1、某某在收到省国土资源厅同意办理土地变性和协议转让的批复及原告书面通知之日起15个工作日内将履约保证金2688.8万元和被告需承担的违约金200万元一次性划至某某研究所指定账户；2、若某某未在原告书面通知之日起15个工作日内将款项支付到某某研究所指定的账户，则向某某研究所每天支付0.5‰的违约金，未足额支付的，每天支付剩余款项0.5‰的违约金；3、若被告未按照本协议足额支付保证金、违约金及其他费用，本协议第二条约定时间60天，逾期则按照双方签订的《合作建房合同》和《补充协议书》执行，某某积极配合土地变性、产权登记等手续。否则，承担相应法律责任。某某获得合作的土地后，该房屋已于2008年竣工。因被告经济拮据，无法履行履约保证金的付款义务，又不向原告交付应当分割的房产，导致根本违约。为此，请求人民法院判令某某：
一、将坐落于长沙市X路二段84、X号某某大厦办公楼地上第5至X层共8个整层房屋（套内实际面积约为x.44平方米）和±0.000以下部分不少于1000平方米的车库交付给原告，并为原告办妥房屋产权证和土地使用权证、承担由此而产生的全部规费、税费和维修基金；
二、支付原告损失赔偿金20万元；
三、支付从2007年12月19日起截至2011年6月28日（开庭日）止的违约金791.5040万元；自2011年6月29日起按每天1000元的标准计算至某某实际向交付房产并办妥房地产权属证书时止；
四、承担全部诉讼费用。
被告某某辩称：1、原、被告双方签订的《合作建房合同》及其相关《补充协议》在法律性质上均不属于合作开发房地产合同，而是国有划拨土地使用权转让合同；2、该合同及协议违反法律法规的强制性规定，属于无效合同；3、对于该合同无效，双方均有过错，但主要过错在某某研究所，某某研究所的损失应由其自身承担；4、由于该合同不属于合作开发房地产合同，且该合同无效，而导致该合同无效的主要过错在某某研究所，因此，某某研究所无权依据该合同要求某某履行合同，亦无权要求赔偿损失及承担其他违约责任。请求法院判决驳回原告的全部诉讼请求。
原告某某研究所为支持其诉讼主张，向本院提交了以下证据：
证据一、《合作建房合同》一份，拟证明：1、原、被告的主要权利义务。2、被告逾期交房的违约责任。
证据二、《合作建房补充协议书》一份，拟证明：1、原告提供土地使用权后，应分得被告建设的办公楼地上第5至X层共8个整层，面积约为x.44平方米的房屋和±0以下部分不少于1000平方米的车库；2、原告对5-X层享有独立的水电专户，可直接向水电部门缴费，对机房、泵某、管线享有独立自主管理权。另外，原告对公共部分及分摊面积等还有其他特权；3、当事人双方就办公楼北楼的房产重新分配后，对某某研究所造成的损失进行了确认；4、房屋不符合约定标准的违约责任；
证据三、《赔偿协议》一份，拟证明被告应向原告支付赔偿金20万元；
证据四、《协议书》一份，拟证明：1被告应于2008年6月16日前向原告交付保证金2728.8万元；2最迟应在2008年11月30日之前通过合法途经完成该宗地的土地转让过户手续；3被告逾期支付保证金或逾期完成土地转让过户手续的违约责任。
证据五、2010年《协议书》一份，拟证明：1、被告应在收到原告书面通知之日起15个工作日内支付履约保证金2688.8万元给原告；2、被告未在2008年11月30日之前通过合法途经完成该宗地的土地转让过户手续，也未在2010年6月2日之前支付保证金，被告应向原告支付违约金200万元；3、双方的违约责任、双方权利义务终止的情形和有关某同、协议的执行力；
证据六、长沙市发改委立项批文，拟证明联建项目已于2004年11月23日办理立项审批手续；
证据七、长沙市建设工程规划许可证，拟证明联建项目已于2005年6月6日办理规划审批手续；
证据八、《省人口计生委关某请求批准某某研究所土地使用权由非经营性资产转为经营性资产的函》，拟证明某某研究所的上级主管部门省人口计生委已批准某某研究所以划拨土地作价投资与某某合作建房；
证据九、《湖南省财政厅关某省人口计生委国有资产处置的批复》，拟证明国有资产主管部门湖南省财政厅已于2005年7月15日批准某某研究所与某某合作建房；
证据十、《省人口计生委关某请求批准某某研究所原址置换资金用于择址重建的函》，拟证明：1、省人口计生委曾于2006年12月底同意某某研究所将原合作建房应分得的房产以意向定价3500万元转让给某某；2、2006年万源评估咨询有限公司对置换房产的评估总价值为4191.82万元；
证据十一、《湖南省财政厅关某研究所国有资产置换资金用于择址重建的复函》，拟证明：1、湖南省财政厅曾于2007年1月8日批准某某研究所将合作建房所分得的全部房产转让给某某；2、资产置换资金应当缴存省财政专户，即归省财政所有；
证据十二、湖南省国土资源厅、湖南省财政厅《关某究所土地资产处置的批复》，拟证明：1、评估结果已报某土地行政主管部门审核备案；同时也证明，本次评估仅是对地价的评估，并不是对某某研究所应分得的房地产的资产价值的评估；2、湖南省国土资源厅、湖南省财政厅同意将该宗地参照市场价格协议出让给某某，但同时限定其土地底价不得低于经审核的评估地价3282.00万元；3、受让方应与长沙市国土资源局签订国有土地使用权出让合同；4、土地成交价款应分别上缴省、市财政；5、受让方可持该批复、土地使用权出让合同、补缴土地价款缴讫凭证和其他相关某料及时向省国土资源厅申请办理变更土地登记手续；6、该批复的有效期为半年；7、该批复附件证明，地价评估基准日为2009年9月30日，自评估基准日起一年内有效；
证据十三、律师函一份，拟证明某某研究所于2009年11月9日委托律师向某某发函，明确催告并督促其履约；
证据十四、《关某根据“协议书”支付有关某项的函》，拟证明某某研究所于2010年11月18日向某某发函催收某某的应付款。
证据十五、某某2010年12月13日《复函》，拟证明某某违约的事实。
证据十六、某某研究所《关某尽快依据“协议书”支付款项的函告》，拟证明截至2011年3月4日，某某仍拖欠应向某某研究所支付的款项。
证据十七、某某2011年3月7日《复函》，拟证明某某已丧失履约能力。
证据十八、某某2011年4月14日《关某尽快办理土地变性手续的函》，拟证明某某不仅不积极履约，反而向某某研究所提出无理要求，使双方的矛盾激化。
证据十九、某某研究所2011年4月19日《关某尽快履行有关某作建房合同的函》，拟证明：1、某某研究所已通知某某必须无条件地履行先付款义务，否则不履行转让土地使用权的配合义务；2、根据2010年协议书的约定，已通知某某应终止履行双方97年协议书；3、某某研究所已通知要求某某于收到本函后3日内依据有关某作建房协议约定，向某某研究所分割并交付应得房产等；
证据二十、二十一，计生所《事业单位法人证明书》、某某《企业法人营业执照》各一份，拟证明某某研究所系国有事业单位；某某具备房地产开发经营主体资格；
证据二十二、“吉屋网”下载的《某某大厦网上售楼处》信息，拟证明联建项目的竣工时间为2007年1月1日，开盘时间为2007年3月1日；
证据二十三、“110网”下载的《原告娄底市一帆投资有限公司与被告某某房屋买卖合同纠纷一案》判决书，拟证明：1、2007年11月左右某某大厦第X栋X号房销售价每平方米6983元，根据这一已知事实可以推定当时某某大厦第X栋X至X楼售价应在每平方米5000元左右，预计某某研究所应分得的房产的总价值约为6500万元左右（x.44平方米×5000元=（略）元）；2、某某向业主发出《交房通知书》的时间为2007年12月18日，由此推定某某应于2007年12月19日向某某研究所交割房产。
某某对某某研究所提交的证据质证认为：对证据1至5的客观真实性无异议，但其内容违反了法律法规的强制性规定，不具有合法性，不能作为支持原告诉讼请求的依据，故与本案无关某。证据6即长沙市发改委（2004）X号批文，是复印件没有提供原件，该复印件未取得获取文件机关某签章确认，不予认可。长沙市发改委既不是国有资产的管理机关，也不是国有划拨土地批准机关，其无权对国有划拨土地作出批文，该份证据与原告的诉讼请求也不具有关某。对证据7，因为长沙市规划局不是国有资产管理机关，所以其对国有资产没有处置权，与该份证据要证明的目的不具有关某。对证据8、9、10、11等四份证据，由于证据12的内容已将证据10、11覆盖，故对证据10和证据11的内容不再予以质证。证据8、证据9、证据10不具有关某。对证据12，存在以下问题：第一，该批复对于土地出让的方式是不妥当的，物权法137条明确有规定，划拨土地必须经过招、拍、挂的方式出让，…而该批复是以协议的方式出让，违反了《物权法》的规定。第二，长沙市房地产管理法第56条明文规定…原告的划拨土地是1985年由长沙市人民政府审批划拨的，那么现在土地变性办理也应该是由长沙市人民政府批复。第三，该批复的生效日期是2010年10月29日至2011年4月29日，故该批复至开庭之日已经自动失去效力，故证据12与本案无关某。对证据13，这个律师函是否送达，某某研究所没有提供证据证明。而且这个证据上面注明的书写文字是什么内容也看不清楚，故对其合法性、客观性有异议。对证据14至证据19其真实性无异议，但证据14至证据19，其内容违反法律法规强制性规定，不具有合法性，故不能作为原告支持诉讼请求的依据，也不具有关某。对证据20、21无异议。对证据22、23、这2份网上下载的资料不是证据，且没有在2011年6月11日之前完成举证，已经超过举证期限，不予质证。
针对某某的质证，某某研究所对证据13的辩称，某某已经收到此律师函件，可以从某某的回函内容中予以体现，计生所提交的证据可以形成证据链，对证据22、23网上下载的两份证据，发现的途径是在网络，发现的时间是在6月26日，故属于新的证据，不受原举证期限的限制，应当作为本案证据。
对某某研究所所提交的证据，除20、21、22、23外，本院对1-20均予以认可，可以作为本案事实依据。
被告某某为反驳某某研究所的诉讼请求，也向本院提交了以下证据：
证据一、《土地估价报某》{湘信土估字第（2010）X号}，拟证明：1、土地出让条件：红线外“五通”，红线内场地平整；2、土地评估总价3282万元；3、出让土地面积2403.03平方米；4、出让土地总价3050万元；证据二、《地籍调查表》，拟证明土地价值3282万元。
某某研究所质证认为：对证据一、《土地估价报某》真实性有异议：认为1、土地估价基准日为2009年9月30日，该评估报某自评估基准日起一年内有效，故该次地价评估结果是一个已过期失效的评估结果，已丧失了证明力；2、该评估报某内容不完整，无法质证。同时，鉴定人未依法到庭接受询问，无法了解委托鉴定的材料、鉴定的依据及使用的科学技术手段；无人对鉴定过程作出说明；无法了解鉴定人员及某某机构签名盖章是否真实；3、该证据不是原件。应当提交原件。对其关某有异议，其不能证明待证事实，理由是：1、土地的出让条件只能由土地出让合同约定，不是土地评估报某所能证明的，该评估报某没有关某出让条件的证明；2、评估总价虽是3282万元，但其估价基准日为2009年9月30日，该结果已于2010年9月30日失效，且评估总价仅指地价，并不是某某研究所应分得的房地产价值，拟证明的土地面积与出让土地总价与本案原告主张的法律关某的性质无关，本案审理的案由是合作开发房地产合同纠纷，不是土地使用权出让合同纠纷，也不是房地产转让合同纠纷或土地使用权转让合同纠纷，无需对土地进行价格评估，且评估报某本身已失效，不具有证明力；对证据二某某研究所质证认为：对该证据的真实性、关某、合法性均有异议。该证据不是原件；没有出示原件，无法了解表上的签名盖章是否真实；该证据制作于2010年3月16日，是在建联项目竣工之后补制的文件，不能反映地上附着物的情况，因此，不能全面证明估价土地的具体情况；没有证据证明从事地籍调查的单位是否是具有资质的专业技术单位；证据来源不符合法律规定，无单位负责人签字。
针对某某的该项举证，某某研究所当庭出示了双方于2005年10月11日签订的《关某颐美会现代城合作开发项目中土地整合的备忘录》作为反证。拟证明：1、某某应当负责办理土地整合手续；2、在这个项目中某某研究所同意为了让某某节约成本，只要不损害某某研究所的利益，都可以让他们去做（这里影射包括土地评估的运作）。显然，在这种情况下所做出的土地评估报某难免有瑕疵，不具有证明力。
被告某某对某某研究所提交的反证证据质证认为：该反证因为是原告当庭提交的证据，故对其真实性、客观性无法核实；其内容违反了法律法规的强制性规定，是违法的，与本案无关某，不能作为支持原告诉讼请求的证据。
本院认为某某所提交的证据三份均可作为认定本案事实的依据。
本院经审理查明：2002年某某通过合法途径受让长沙市城市开发公司的土地10.22亩，2003年10月，获得该受让土地使用权证和建设用地规划许可证；与此地比邻的某某研究所，有一块办公用划拨地，加上居住在此的24户房改房居民的居住用地，合计面积2676.6平方米（合4.105亩）；2005年1月3日，某某与某某研究所订立《合作开发建设某某路颐美会现代城项目合同书》合同一份，约定：某某研究所将某某路二段84、X号大院的约4.15亩划拨土地作为参与某某合作开发楼宇的基本条件。某某负责将受让的10.22亩与4.15亩划拨地整合后建设办公楼、住宅楼各一栋。X号楼为办公楼，X号楼为小户型白领住宅。X号楼建在某某研究所提供4.15亩土地上。某某研究所提供土地后的回报某：获得房屋面积不少于8003，地下房产面积不少于1003。承担160万元（最高额）的土地出让金。某某则承担项目的立项、报某、施工手续及土地使用权证、房屋产权证等全部权证（含原告应得房屋产权证和土地使用权证）的办理，并承担在办理上述手续及权证时的全部税费和维修基金。某某研究所院内的旧房及建筑物拆除工作由某某组织实施，并承担全部拆除费用。某某在签订本合同时需向某某研究所交纳履约保证金100万元，该保证金在全面履行本合同后一个月内一次性返还。合同还对某某研究所分得房屋的建筑条件、建设标准以及双方的其他权利、义务和其他事项作出了约定。合同签订后，某某研究所将土地交付给某某，2004年12月X号楼正式开工建设，2006年5月交付使用，X号楼建筑面积x平方米，可售面积x.2平方米。2006年8月X号栋房屋动工建设，2007年底交付使用，建筑面积x平方米，3-X层未对外销售，5-X层（面积x平方米）目前已经被本院冻结，13-X层已经销售完毕。
2005年6月15日，针对某某研究所的土地出让与转让问题，湖南省人口和计划生育委员会以湘人口（2005）X号函件向省财政厅申请将某某研究所4.15亩划拨土地使用权转化为非经营性资产转为经营性资产。2005年7月25日，湖南省财政厅以湘财资函（2005）X号批复，同意某某研究所将土地及地上建筑物与某某合作开发，并经委托万源评估咨询有限公司评估，某某研究所投入项目的资产价值为1786.94万元，土地出让金160万元。
2007年1月8日，湖南省财政厅以湘财资函（2007）X号批复：意某某研究所将行政划拨地作为合作开发建设之用，同意某某研究所以协议方式将土地转让给某某。
2007年9月14日，双方又签订《合作开发某某路颐美会现代城项目补充协议书》一份，该协议第三条对某某研究所提供土地使用权的回报某分割办法进行了调整，即某某研究所获得某某所建办公楼地上第5至X层共8个整层（房号为：519-550、619-650、719-750、819-850、919-950、1019-1050、1119-1150、1219-1250），和±0.000以下部分车库（车库位置号码为：附二楼X室500平方米，附一楼X室500平方米）。该协议书还对合作双方就办公楼房屋重新分配后造成原告的9项损失进行了确认。
2007年9月17日，针对某某研究所的损失问题，双方签订《赔偿协议》一份，协议约定:某某一次性赔偿某某研究所损失20万元，该损失不包含在某某应付给某某研究所的3506.8万元中。
2008年6月10日,双方签订《协议书》一份，约定：1、某某于2008年6月16日前向某某研究所支付2728.8万元保证金,用于保证原告应得利益的及时实现；2、某某应在2008年11月30日之前通过合法途径完成该宗地的土地转让过户手续；3、如某某未支付保证金和完成土地转让过户手续，双方合作则按照2005年1月3日和2007年9月14日签订的协议执行，某某研究所根据该二份合同获得房屋，2007年9月17日签订的《协议书》同时废止。4、如获政府有关某门批准，该总土地可以协议转让或通过招、拍、挂方式出让，在某某通过程序竞得该宗土地使用权、依法交纳土地款时，由某某研究所以代付土地款的方式退还保证金，保证金在某某研究所管理期间，某某不收取任何利息。5、在合法转让的情形下，协议价以2007年9月17日双方签订的《协议书》为准。在招、拍挂方式出让的情形下，某某研究所应得的土地款不低于2007年9月17日双方所签订的《协议书》确定的金额。6、双方办理完土地使用权转让手续且某某付清全部土地款后，某某研究所放弃协议约定获得的房屋。
2010年6月2日，双方又签订《协议书》一份，约定：1、某某研究所在协议签订之日起3个工作日内向省国土厅提交处置土地的报某。2、某某在收到省国土资源厅同意土地变性和协议转让的批复及某某研究所书面通知之日起15个工作日内将履约保证金2688.8万元和需要承担的违约金200万元一次性划至计生所指定账户，某某研究所收到款项后3日内到长沙市房屋产权管理局办理解除对某某台大厦5-X层房屋的锁定；3、某某研究所在收到某某足额款项后，将土地转让给某某。4、在办理土地变性及转让过程中涉及的土地出让金、税、费等一切费用，某某研究所除只承担160万元土地出让金外，其余部分有某某支付。5、若某某未按照协议第二条约定的时间将款项支付到某某研究所指定的账户，某某每天需向计生所支付0.5‰的违约金，未足额支付的，每天支付剩余款项0.5‰的违约金，款项到达后，某某研究所不予配合的，则向某某支付30万元违约金。6、本协议第二条约定的履约保证金、赔偿金的支付时间为60天，若某某未足额支付履约保证金、违约金及其他费用，双方则按照2005年1月3日签订的《合作建房合同》和2007年9月14日签订的合作建房合同《补充协议书》执行，某某同意按照房屋面积补偿，并积极配合土地变性、产权登记等手续。
2010年10月29日，湖南省国土资源厅、湖南省财政厅联合发出国土资函（2010）X号批复，其内容为：1、涉案4.15亩土地在2009年9月30日评估基准日价值为3050万元，2、同意将该宗地参照市场价格出让给相邻宗地使用权人某某。协议出让底价3282万元，由长沙市X组织实施，并与受让方签订国有土地使用权出让合同。
2011年3月4日，某某研究所向某某发函要求支付履约保证金及违约金200万元，合计2888.8万元。3月7日某某回函，同意在贷款到位后按照批文支付土地款。
2011年4月14日，某某要求某某研究所出具办理土地变性手续资料，4月19日，某某研究所回函要求先交房，后办理土地变性手续。后因某某的资金问题，无法按照约定支付履约保证金，导致土地变性手续和转让手续不能完成。某某研究所于2011年4月向本院起诉。
另查明，某某在合作过程中实际支付给某某研究所履约保证金340万元，拆迁24户安置补偿款498万元。
上述事实，由双方提供的合同、补充协议，各项批文等证实。
本案双方争议的焦点为：一、本案纠纷的性质与本案《合作开发房地产合同》及相关《补充协议》的效力问题；二、违约事实与违约责任的承担问题；三、划拨土地变性手续的完善问题。
本院认为：一、关某本案纠纷性质与合同效力问题。
某某研究所与某某基于毗邻土地的整合与开发，双方所签订的《合作开发建房合同》及相关《补充协议》，系双方真实意思表示，某某研究所以缴纳160万元土地出让金和提供4.15亩行政办公划拨用地的使用权作为参与合作开发建房的基本条件，某某获得某某研究所的4.15亩土地后，与受让所得的10.22亩土地一起整合，投入建房全部资金进行开发，并约定房屋建成后，某某研究所分得X号楼X-X层的房产和地下1000平方米的车库，用于办公使用，某某获得剩余所建房屋的销售利润。从双方缔约交易的目的来看，符合合作开发房地产的法律特征。故本案纠纷的性质属于合作开发房地产纠纷，只是双方合作时，某某研究所的4.15亩划拨土地尚未办理土地出让变性和转让手续，其合作合同的效力待定。某某认为本案因未办理土地出让手续，某某研究所无权处置土地，本案不是合作开发房地产合同而是土地使用权转让合同的抗辩理由不能成立，本院不予采纳。
2010年10月29日，湖南省国土资源厅、湖南省财政厅和长沙市国土资源局对某某研究所4.15亩行政划拨地同意以协议转让给某某并在2011年4月29日前补办出让、转让手续的情况下，虽然未经法定招、拍、挂的方式进行土地的转让，但是由于某某研究所在将土地参与合作开发后，国土部门并未重新划拨办公用地，说明该项土地属于可以协商转让的土地，故该合作合同在双方补交土地出让金、与国土部门签订转让合同后，即具有法律效力，属于有效合同，应予法律保护。某某所称“某某研究所的土地没有出让变性，违反法律的规定，是一个无效合同”的抗辩理由不能成立，本院不予采纳。
二、关某双方责任问题。本案中，某某研究所的办公用地未经合法出让即参与合作开发，有规避法律先斩后奏的嫌疑，但事后获得了有关某权部门的批准，修正了自己的过错。某某明知划拨土地没有办理出让和转让手续不得开发使用，但是为了自身利益在土地变性和转让尚未完成的情况下即用于开发，并且不按照双方合同的约定将土地履约保证金支付给某某研究所，导致本案土地变性手续和转让手续不能完成，其对本案纠纷的产生负有完全过错，应当承担本案纠纷的全部责任。某某应当按照双方约定交付某某研究所房屋并承担相应的违约责任。某某研究所起诉要求按照合同约定交付房屋和办理产权过户手续，理由成立，本院予以支持，某某在将自己应分得的房产对外销售后，不按约及时履行办理土地变性、补缴土地出让金义务，而以双方之间未办理土地使用权变更登记手续为由请求确认合同无效，造成无效的主要过错在于某某研究所的事实与法律依据不足，本院不予支持。
三、关某违约金数额的确定问题
根据双方2007年9月17日赔偿协议的约定，某某承诺赔偿某某研究所损失20万元；根据2010年6月2日双方签订的《协议书》第二条的约定：某某承诺在省国土资源厅下达同意土地变性和协议转让的批复，并受到甲方（某某研究所）书面通知之日起15个工作日内将履约保证金2688.8万元和需承担的违约金200万元一次性划归某某研究所指定账户，故本院确定某某应当赔偿给某某研究所的损失与违约金为220万元。考虑到房屋升值的原因，为均衡双方利益，对某某研究所请求某某支付其他违约金的诉讼请求，本院不予支持。
四、关某本案土地变性手续办理的主体问题。
针对本案土地变性转让手续的办理问题，首先应当以土地的出让为前提条件，土地使用权人应当是申请办理土地变性手续的主体。本案中，国土部门已经明确审定某某研究所出让土地应当缴纳的出让金为160万元，此款应当由某某研究所承担。出让之后的转让费及其相关某费，根据双方2005年1月3日签订的《合作开发建房合同》第四条第一款、2005年4月7日签署的《关某颐美会现代城合作开发项目中土地整合的备忘录》第一条、2008年6月10日《协议书》第二条，和2010年6月2日《协议书》第二条的约定，某某研究所已经将4.15亩土地交付给某某，故办理土地转让的其他一切税费都应当由某某承担。故某某是办理本案土地变性手续的义务主体，某某研究所对土地出让同样负有配合义务。
综上所述，根据《中华人民共和国合同法》第一百零七条、第一百一十四条、《中华人民共和国城市房地产管理法》第二十八条、第十四条、参照最高人民法院《关某审理涉及国有土地使用权合同纠纷案件适用法律问题的解释》第八条之规定，判决如下：
一、某某在本判决生效之日起10日内将某某台大厦X号栋第5至X层（房号为：519-550、619-650、719-750、819-850、919-950、1019-1050、1119-1150、1219-1250）和附二楼X室、附一楼X室车库交付给某某究所。
二、某某在交付后365日内为某某究所办理房屋产权证和土地使用权证。
三、某某支付某某究所损失赔偿金20万元，违约金200万元。
四、驳回某某究所的其他诉讼请求。
本案一审受理费x元，保全费5000元，共计x元，由某某究所承担x元，某某承担x元。
如不服本判决，可于本判决送达之日起15日内向本院提供上诉状，并按对方当事人人数提供副本，上诉于湖南省高级人民法院。
审判长游玉霞
审判员熊伟
人民陪审员王某佳
二0一一年九月二十日
书记员汪小燕
附相关某条：
《中华人民共和国合同法》第一百零七条当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。
第一百一十四条当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。
约定的违约金低于造成的损失的，当事人可以请求人民法院或者仲裁机构予以增加；约定的违约金过分高于造成的损失的，当事人可以请求人民法院或者仲裁机构予以适当减少。
当事人就迟延履行约定违约金的，违约方支付违约金后，还应当履行债务。
《中华人民共和国城市房地产管理法》第二十八条依法取得的土地使用权，可以依照本法和有关某律、行政法规的规定，作价入股，合资、合作开发经营房地产。
第十四条土地使用权出让最高年限由国务院规定。
《最高人民法院关某审理涉及国有土地使用权合同纠纷案件适用法律问题的解释》第八条土地使用权人作为转让方与受让方订立土地使用权转让合同后，当事人一方以双方之间未办理土地使用权变更登记手续为由，请求确认合同无效的，不予支持。
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