时效的计算，是从违法行为发生之日起计算。如果违法行为有连续或继续状态的，则从行为终了之日起计算。“连续状态”，是指抗拒税务检查。“继续状态”，是指一个违法行为在时间上延续。如伪造发票先后花了10天时间。值得一提的是，违法行为与违法行为所造成的危害后果并非一回事，后者的持续状态与行政处罚的时效无关，对违法行为造成的危害后果所处的持续状态不应作为违法行为的继续状态，也不能因此予以行政处罚。如果纳税人在6年前涂改了其经营账薄以偷逃应纳税款，该账薄一直保存至今，但涂改账薄的违法行为早就结束了，由于该违法行为是超过5年后才发现的，则不应予以行政处罚。当然，还需指出的是，如果税务机关已经发现纳税人、扣缴义务人确有违法行为且立案调查，但纳税人、扣缴义务人故意外逃不露面，以期达到在法定期限内未被追究而免受行政处罚的不法目的，在这种情况下，追究其行政责任的期限不受行政处罚时效的限制。因为税务机关在时效期间已经发现其违法行为，故而不符合税收征管法所称的“在5年内未被发现的”，对其应当适用时效中止，即在其外逃不露面的行为终了后继续计算时效期间，其外逃期间不计入时效期间。
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