案例分析

4、2005 年10月5日19时33分市110指挥中心报警，在武汉市某区发现有人利用渣土车违法填湖，区水务局和交管部门组成的执法专班赴现场进行查处。赶到现场后，发现填湖车辆后已逃离现场。交警队根据该路段监控录像查明某渣土车曾路过事故现场，车主为李某。同年10月10日，执法专班找到李某，在对其制作了询问笔录后，认为李某有违法嫌疑，决定对其车辆作为证据进行登记保存，水务局当场制作了《封存单》交由李某签收，对车辆进行了登记保存。水务局队分别于同年10月27日、11月3日对车辆进行检验、提取物证，并将11月3日从嫌疑车辆右前减震器上提取的土样进行鉴定，鉴定结论：从嫌疑车辆右前轮减震器上提取的土样，与某湖泊水中渣土一致。2006年2月7日，水务局对李某下达并送达权利告知书。2月16日水务局对李某士下达并送达水行政处罚决定书，罚款3万元。
    李某不服该处罚决定，认为水务局作出处罚证据不足，程序违法，作出的处罚决定书是错误的，应当撤销，遂向人民法院起诉。李某诉称：1、2005 年10月5日那晚确实路过违法行为发生地现场，但没有运送渣土，至于车上渣土和案发现场一致，是因为车辆经过的路段都是这样的土，是不可避免沾上去的。同时，该路段每晚有许多渣土车经过，因此该时段的车辆都可能沾上渣土、都有违法嫌疑。被告认定原告填湖的违法事实证据不足；2、被告的封存行为没有法律依据。被告依据的《行政处罚法》第三十七条“在证据可能灭失或者以后难以取得的情况下，经行政机关负责人批准，可以先行登记保存”的规定，该条中只规定“登记保存”，而没有规定“封存”。被告以此作出“封存”行为，缺乏法律依据，程序违法。被告在庭审时诉称，该处罚决定事实清楚、证据确凿、程序合法。原告车辆出现时间和举报时间基本一致，车辆土样和现场土样一致，因此，违法事实确凿。同时，被告在庭审时提交了《水政监察工作章程》，辩称《行政处罚法》规定的“登记保存”，和“封存”是一个意思。《水政监察工作章程》第十六条规定：水政监察人员在执行公务时，可依法行使责令有违反水法规行为的单位或个人停止违反水法规的行为。必要时，可采取防止造成损害的紧急处理措施。登记保存证据、扣押封存行为都属于紧急处理措施行为，因此，被告的封存行为符合法律规定。
问：
      1、被告对原告的违法事实认定是否清楚、证据是否确凿？为什么、
2、被告的登记保存证据行为程序是否合法？为什么？
3、法院对被告在庭审时提交的《水政监察章程》这一部委规章效力如何认定？为什么？