我要求1998年之前的工龄补偿合法吗？

本人在A单位工作9年之后被B单位整体收购（又在B单位工作了15年），由于B单位经营不善，在2012年1月B单位与我协商买断工龄（终止劳动合同协商书）！B单位只承认在B单位工作的15年，但协商的补偿金我很满意，协议已签，钱已到帐！请问1.我能要求B单位补偿我在A单位的工龄补偿吗？（我已申请劳动仲裁但输了，说我在A单位工作依据不足），现又已上诉法院。请问2.法院结案时会不会判决我和B单位协商的补偿金不成立，需按劳动法进行重新核算啊（1年按1月工资补偿）！B单位多给的补偿金退回B单位（会不会这样判）！我要请律师打官司要A单位的工龄补偿！（协议书上虽然写了1989年入职，但公司确实没有补偿1989年--1998年之间的工龄）



问题补充：
要补充的内容各位律师您好！先谢谢了！（请指点下）！

终止劳动合同协议书（内容如下：甲方------乙方-----身份证号码------- 乙方于1989年1月1号进入甲方工作，现经甲乙双方协商一致，同意终止劳动合同，根据我国劳动法律法规规定，达成如下协议：1，甲乙双方劳动关系自2012年1月1号终止，所在的权力义务随之终止。2，甲方按照法律规定及公司程序为乙方办理离职手续，出具终止劳动合同证明书，乙方按规定办理工作交接手续。 3.根据劳动法，劳动合同法等相关法律法规的规定，甲方向乙方支付经济补偿金-——元，上述条款在乙方办理完工作交接等离职手续后15个工作日将补偿金打人乙方账户-------- 。4，其他约定---------。5.甲乙双方对此协议保密。 6.本协议一式两份，甲乙双方各执一份，自双方签章之日起生效。甲方：--- 乙方：----）

终止劳动合同证明书（内容如下：我单位与----同志于2012年1月1号协商解除劳动合同，该同志工作部门为------，在我单位工作年限为15年（从1998年1月1号入职），现该同志与公司协商一致决定于2012年1月1号终止劳动合同。 单位盖章---
----同志。如无接受单位，请于终止劳动合同之日起30日在到本人户口所在劳动部门办理求职登记手续。

问题如下：现在上面2个文件有2个入职时间（1989年与1998年，因为涉及到公司整体收购问题，而B单位只承认在B单位工作的15年），法官会根据哪个入职时间裁判？！上面（协议书与证明书）哪个文件更有法律效力？