多套二手房交易问题咨询

我是山东济南的，跟前妻03年结婚，因婚后无子，在11年就准备离婚，但是当时她没有工作，我就将我们09年购置的一套120平米的房子和存款都给了她。为了免交相关费用，我们婚内（12年）首先办理的共同所有的产权证，后又变更成她单独所有。13年8月我们正式协议离婚。13年11月，她要另买一套房子，无法贷款，就用我的名义买了一套90平米的新房（她负责首付和还贷，目前新房已经交房，产权证需要两年后拿到）。因为我的父母一直在120平米的房子上住，离婚后为了不让他们再折腾搬家，我们协商由我买下这套房子，交易条件是：将我父亲名下一套40平米的房子（我父亲有两套房子，分别是40和45平米）交易给她，再给她55万元（其中有我父母的房子这些年出租所得和当初购房我父母出资的部分共30万元，也就是实际给她25万元）。当时签定了协议并网签了。由于各种原因，至今120平米和40平米的房子都没有办理相关完税和过户手续。我们目前关系很好，就像一家人一样，信任关系还不错。
问题是：
1、现在不动产登记后，相关手续怎么办理？流程和相关材料需要准备什么？
2、120的和40的两套房子分别要交多少钱的税？各种税率如何？
3、我们怎么办才能少交或者免交相关税？
谢谢专家！