宅基地遇拆迁，但房子已翻建数次，且无规划许可证

现因企业扩建，然后政府立了一个棚户区改造的名义进行征迁。
老宅基地，82年建平房，92年发集体土地使用证（仅此一证）；02年翻建，跟村领导打了照呼，征得同意就把房子建了三层，其间也没人告诉要办其他证，我尚年幼，母亲已过六旬，根本就不知道砌房子还得办啥证；12年几户村民和开发商联合建房，房子刚拆完后被政府叫停，说是没有规划许可，不允许建房，后因涉及村民过多，区政府开会特批原拆原建，本人分得三套房子，建好后此次未批先拆房的人也没给办证。
16年开始征迁，拆迁办来谈，说是我只有一个集体土地使用证，故只能按土地使用证上的建筑面积给予补偿（也就是一层），其余多的面积算作违建。
本人表示不服，原02建翻建房子时，属于正常满足住房需要，也向村里请示过了，只是我们母子并不知道砌房还有要办规划许可证一说，何况砌房时也并无任何行政单位来停工，甚至向我们说明需要办理相关许可才能砌房，如果违建，那当时就不该让我们砌；12年联合建房，政府确实下过停工通知书，但后来特批让我们把房子建成也是事实。
现在想咨询的是拆迁办只凭土地使用证确认合法面积是否合理？这种历史原因造成的合法面积争端该用什么方式解决？？
谢谢！