劳资纠纷解决后拿不到自己的资格证书

申请人与被申请人经友好协商，就申请人申请确认XXX与被申请人劳动关系一案，就相关赔偿自愿达成如下协议：
1申请人与被申请人在2011年度存在劳动关系；
2被申请人向申请人一次性支付人民币5000元（大写伍仟元整），作为本劳动争议赔偿金等一切款项。
3申请人不再要求被申请人支付任何款项或承担任何责任，包括劳动关系存续期间的任何其他责任。
本协议书一式两份，申请人与被申请人各执一份

本来拖欠一万多元工资，经过协商以后双方签订的上述协议，结果付款后公司不归还自己的资格证书。还说要交证书费才可以拿走。这个是有道理的么。