北京户口违约金问题

我11年6月份和北京的一家国企签的劳动合同，同时公司给解决北京户口还让签了一份户口协议，协议规定我在单位工作未满5年辞职，需要赔偿北京户口办理费用5万元的条款。由于是工程单位长期在野外，工资还一直拖欠，公司住房公积金有扣还不给交私自挪用全体员工的住房公积金。所以实在没办法了就在今年2月份的时候提交辞职报告。公司一直找各种理由不给办辞职手续。
   还有让我赔偿5万元的违约金，我跟公司协商把户口迁出北京是否可以不用赔钱，公司依旧不肯放我的档案跟户口还让赔钱，最近还以北京查户口紧的原因不放我档案跟户口让我赔钱，还说我没辞职，我当初在2月份已经交了所有的上级领导签过字的辞职材料了。
    我想问下该公司的条例是否合法？我把户口迁出是否还需要赔偿户口办理费用的5万元？