房子的问题

今年2月，甲方要重建我镇上的老房子（老房子为2层楼房，2楼有两套，我是其中一套），签订了一个协议，补偿我一套原有平方数的房子之外在低价购买房子一套。该协议有规定该房屋的建筑应符合我国的相关法律法规及政策。事后甲方通知我说办理该房屋的证件时要交一个每平方50块的罚金。我是不是可以以上面那条理由不交这罚金？
然后，大概10年前向甲方购买老房的时候，签署的购房协议中如果我向甲方支付2900块钱之后，可以在天台上在加一层楼房，这是不是代表我就拥有该天台的使用权？而如今签署的协议当中并没有牵涉这一条，那我是不是可以向甲方提出赔偿？老房签署的协议是乙方（我）有权在二楼上面加建房屋，加一层由乙方补给甲方加层费xxxx元。新的协议中没有提到这条，而且新房也已经快要建好，存不存在甲方侵犯了我的使用权？