农村宅基地纠纷问题

关于农村宅基地问题：我家与东院相邻40余年，去年东院旧房放盖，拆房时发现我家东房山土墙压在他家地基上，东院认为我家侵占了他家宅基地，让我家东房上墙往里垒，当时我爸也明白，就把东山房墙垒了进来，这样房檐就伸出来，东院让我们把房檐拉掉，我爸想不明白，住了40多年，我家怎么占了他家宅基地，找到镇土地所，土地所工作人员来到我家按宅基地证进行了测量，结果按宅基地证尺寸我家少了，而东院却多了，（两家房长寛是一样的都是13.12米，测量结果我家是13.05米、东院是13.30米)土地所工作人员说是他家侵占你家，当时盖房我们还小我爸不在家，镇工作人员当面口头解决，东院房山墙以外归西院，垒墙按房跺，东院不敢，我家起诉法院，法院认为应以地基为准，（他家盖房比我家早盖1年但当时是大队一块给划的线）法院认为东院多出的部分没有占我家而是占公家的，法院说你家为什么不往西盖点，如果按法院说按地基，那么我家南东厢房就在东院院里，40来年我家厢房在东院里他能干吗？请问律师法院为什么不按宅基地证为准而以地基为准，这样做有法律依据吗？