要求公司补给加班费，缺指纹打卡记录怎么办？

工作努力，公司认可，但各方面原因现不想继续做下去，主动辞职。基本情况如下：
一、3月1日进入这家公司，到6月底正好满4个月。
二、试用期三个月，直接签订的劳动合同，试用期间未交社保。
据人事部讲公司一直以来都是这样，三个月后递转正表各项福利再跟上。但不补交之前的。
三、第4个月起，因薪酬福利待遇等一直未协商好，本人未签转正表。
四、6月26日递辞职表。

咨询各位大律师：
    1.公司章程规定经理级别以上加班不算加班费（不能填加班单），但四个月来本人尽心尽力几乎天天工作到晚上八九点下班，有指纹打卡证明。另外端午节当天仍工作。这种情况是否可以要求公司补加班费？
    2.去问人事要指纹打卡记录，不给。担心公司会做手脚，如果发生记录丢失，又如何申请劳动仲裁？
     请指点一二，谢谢！

补充：手头有劳动合同、3月和5月的工资单。