诬告投毒与名誉侵害权

家里种菜地的角落有个老水井，因对农作物防虫处理撒了石灰，但有户人家关年前从荒废的水井里拉自来水用，现他向派出所投案说我家向水井投毒，并当着全村人的面说我家投毒，此事现地传播更大，我父亲一气之下填了老水井，派出所人员才现场查看，现没什么任何证据我家投毒．但现在通过亲属向县级水利局告我断他家水源(并非他家唯一水源)．水利局单方面要我家修复水井，但因单纯修复水井不能解决将来再次发生此事．签于现在这个情况，我可否从家人的名誉权＼诬告投毒罪进行司法处理或法院评审，或上告法院是要怎样的流程．如我们向司法机关提出此事后，是否整件事情都应同时进行处理并同时执行，不能单方面执行．关于此件事现在有三点：诬告投毒及名誉权受损\水源破坏\水井及农用地纠结应用的问题焦点．我想先客观了解法规及各种处理结果．