起诉公立医院的疑虑？

目前我公司（医药商业）的一个客户医院换院长（法人），陈欠我方七万货款，多次催款，对方说不是他经手的不管，于是我方准备起诉。我方有对账函和购销合同清晰的可以看出对方的欠款情况和月结算条款。
顾虑：一，跟公立机构打官司存在的阻碍时什么？
     二对方是疾病预防控制中心下辖的结核病防治所，有一定的公众意义在，而且是收支两条线，即对方的回款都是当由地的财政付款中心支付。但对账等手续都是该机构和其法人的章。是不是胜诉了也不好执行呢？