股权未经本人同意私自变更

甲股东与一家国有单位在1999年共同合资建立一家有限公司，甲股东出资金，占70%股份，乙股东以固定资产入股占股份30%。到2004年乙股东的代表人私自将股份变更，变为甲股东占30%，乙股东的代表人占70%。甲股东不知情的情况下退股，直到2007年乙股东说钱已经退完了，此时甲股东与其协商，直到2012年才发现其变更股份，几次协商都不能达成一致，请问如何解决呢，是找工商部门性质诉讼还是怎么样会更好的解决该问题。