全脱产在职博士的辞职问题

本人在工作期间，考上了博士，是定向的，但是是公费博士，因此不需要支付学费，在读博期间，单位一直给我发着工资和岗位津贴，公积金社保都没有听过。而我基本是全脱产在职读博，读博期间只为单位出过一次差，没有承担教学工作。现在我已经毕业一年，也没有立刻回到原单位工作，一方面是因为延期了半年，半年后又开始做科研工作，当然是以单位教师的身份做的科研工作。在我读博之前，曾跟单位签订一份协议书，协议书上写有“退还单位提供的相关待遇，包括工资、岗位津贴，以及优惠政策所产生的费用等”字样。我现在想辞职。不知道我这一辞职，需要赔偿多少？？不知道单位说的工资，是指实发工资还是包含公积金社保在内的全部工资？？？请专业人士、知情人士帮忙解答，万分感谢！！！