拆迁补偿牵涉国有资产问题

请问：有一单位将原来的老车间分配给职工居住，一直房改不成，后遇拆迁，拆迁办同意此职工进行房改再按住宅补偿，此职工拒绝，此职工要求按店面予以补偿（此房临街，十几年前就做小买卖，但未办工商营业执照），现拆迁办欲按经营性非住宅补偿给单位，由单位再行补偿给职工，合法吗？会不会牵涉到国有资产流失问题？单位只有以前的分房单，并一直按住宅标准收取房租。