关于赔偿公司经济损失的咨询

你好，我是一家私人企业做行政的，具体情况如下:我公司物资部一库管员张某，因错发材料，导致公司内外损失总计四十多万，按照公司规定需要赔偿经济损失，公司根据实际情况，只要求张某赔偿内部损失两万的百分之五十中的百分之五十，即一万的百分之五十，约五千元金额，该员工工资为2100元，切该员工现在已经申请离职，请问我该怎样扣款才能合法合理。请教各位指点，有机会能长期合作。