农村建房土地纠纷

本人房子和我戈壁的房子都有集体土地使用权证，我们这一片的房屋的土地曾经分到个人还是52年的土改时发的土地证，但是7几年时由政府要增用这块来办企业起了很多的房子，当时政府也跟这个拥有这块土地的个人做了补贴，也换了一块地给他，但是他的52年的土改的土地怔没有回收也没有换怔，他一直留到现在。我的父母是这个企业的职工，由于92年金融企业倒闭，企业把房屋抽签卖个了下岗的工人们，也经过了政府的签字办了正当的手术交了钱，但当时的政府机构在农村不够完善，土地证不知是故意不办还是忘了还是什么样的？现在我们今年要起新房，政府方面没什么问题只是叫我们交钱补办这个土地证的手续，我们也照办，但是这时那个当时拥有这块土地的人拿着52年的土地证把政府告上法庭想要回这块土地，问：现在事各10几年我们一直拥有的房子还能属于我们吗，我们要把旧房推了再起，他就来吵，我们还能在这块土地上起房子吗，政府被告，他们的胜算是多少，真怕什么都没了，我想就这事咨询您一下，谢谢。