关系户职务侵占 公司内部不配合处理

您好，我是一家物流公司主管；

我的副手为我司本区分公司前任负责人之女，上任已有一月有余；

期间她曾利用职务之便贪污仓库数千元货物（我所掌握的），对于此事我睁一只眼闭一只眼。

但是，近期我发现她还利用职务之便向我报假账（调车，低价与司机签订合同，高价向公司报账）金额数万；

目前相关真实调车合同已被我找到（已扫描留底）。

目前我将被平调闲职，副手将接替我的职务，但之前她涉嫌职务侵犯的相关责任可能会被秘密转嫁到我头上。（公司内部之前有类似案例）

我打算通过司法途径处理此事，但预计在公司内部可能会有阻力（不配合）；

请问：我通过何种司法途径能够最小限度的依赖公司配合而解决此事。