关于公证书的效力问题

2008年1月公证机构作了一份公证，内容是一个建筑公司在2005年注销了，该公司其他股东声明将这建筑公司与A单位签订的施工合同中的债权转让给股东之一李某（建筑公司对A单位有200万债权）。后来A单位于2010年5月份对公证书提出复查申请，证明施工合同确实是无效合同。但公证处却说依据公证法，申请已经过了时效。是这样吗？公证法里没有时效规定啊，如果A单位要起诉公证处，是行政诉讼还是民事诉讼？谢谢。