棚户区拆迁开始后还能拆除违章建筑么？

律师您好：
我父母居住的老房子是82年建的一直不断修缮至今年，房屋稳固。当时响应厕改，自己扩建了一个厕所。后来由于生活需要，在不影响别人的前提下扩建了一个院子。08年由于别人举报，城管部门通知拆除。当时周边到处是自建的违章建筑，城管部门如果要一视同仁就必须拆除所有违章建筑。可能是法不责众吧，城管部门叫我父母去法院，并说他们也会去法院撤诉什么的。我们父母支付了50元执行费后，就不了了之。
两年前本地开始旧城改造，由于拆迁赔偿不合理，我父母就一直没有签合同。可谈拆迁赔偿的时候，我家的院子也在可赔偿范围之内，但是按每平方500元赔。现在由于合同没签，政府拆迁部门先是各种逼拆手段，现在区拆迁办下了公文说要来拆我们的违章建筑。
我们感到疑惑的有以下几点：1.拆迁未开始时没有来拆，现在拆迁开始了，他们来拆是否合理合法？我听过拆迁法里面好像说决定当地拆迁开始后就不能再来拆违建了。2.如果要无条件来拆我们的违建，那么当初为什么可以赔偿我们？这不是矛盾了么？3.我们不签合同就要来拆我们的违建，而别人的违建都赔了钱，这是不是又是一种逼签，逼拆呢？

当地政府黑暗至极，乡镇街道至区一级官官相互。我想请问各位律师，我有什么方法可以维权呢？希望律师给我详细的解答。