公证书可以修改吗？

我家有一处房子，房产证是父亲的名字，父亲去世后，母亲同意把房产证的名字改成我的，于是我们去公证处办理公正，现在公证书已经在我手里了，我拿着公证书去办理房产过户时，发现公证书里写的房屋面积和房产部门那里的面积不同（我家是老式职工楼房，当初父亲购买时南北阳台是裸露在外的，不算购买面积，所以购买时就没有计算在内，房产证上也就没有两个阳台的面积，只有实用面积，办理公证时公证处是按房产证上的面积计算的）可是现在办理房产过户都要按原来房子的绘图为准，房产部门承认这是他们的问题，他们说我们涉及到公证，如果没有公证的话，他们就直接给变过来了，问题是现在公证书和房产部门的面积不符，不能办理过户，我想问这种情况可以修改公证书吗？房产部门答应给出证明，如果可以还需要花钱吗？