关于房产证、土地证的问题

我于2009年在我们县城购买了一套自建房，开始卖房的口头告诉我们可以办理房产证，所以签了一份合作建房协议，但是到现在2012年底了，也没有办理下来。后来打听到大致原因是因为他批下来的土地使用证上的面积大概是二百平米左右，但是实际却使用了三百多平米，导致房产证办理不下来（土地证上的名称不是卖房的他本人名字，而是他哥哥的）。像这种情况，如果房子被政府征用了，被拆迁，可以得到补偿吗？得到的补偿会不会低于当时购买的价格？
     另外，这土地使用证有二百平米左右，我们能不能去公证，过户到我们名下？请帮忙解答，谢谢！