招标代理机构发布工程单价与招标控制价不一致

你好，我是湖南省农村饮水安全工程的一个中标单位，在施工的时候才发现我公司中标的单价比业主评审的控制价低很多，后来经查询后才发现是：招标代理机构在发布招标工程量清单的时候因不小心，将业主提供的主材调差部分删除掉了，导致所有的单价均没有进行调差，现在的单价都是按照湖南省水利厅2008年16号文件的基价在计算（水泥280，钢筋3600，碎石60，砂子60）来计算，而当地的实际价格为（水泥360，钢筋4300，碎石85，砂子170），现在业主方及当地招标代理机构、上级主管部门说是在招标的过程当中我们已经认可了，现在不给予调差，可是按照湖南省水利厅2008年16号文件的基价来计价的话，根本就做不了，现在这种情况从法律的角度有什么办法解决没有？