关于工伤认定与劳动关系咨询

此单位是外省集团公司，查询到有成都分公司，注册地在武侯区但没有实际办公点，因事发地在青白江，在青白江劳动局裁定与分公司确定劳动关系后，在成都市做出公司认定与伤残鉴定，用人单位均为分公司。之后我们三番五次找到工地上讨要赔偿，都被拒绝，被迫再次诉讼，回到青白江劳动裁受理了我们的请求，但公司仍然拒绝，我们只得再次上诉到法院。
    现在问题是分公司不具有独立法人，仅有诉讼资格，现在分公司就基本一空壳，都是总公司来运营，法院说只能告分公司，总公司不担责任，如果分公司一点钱都没有，是不是意味我们一分钱也拿不到了。
    工伤认定书是2012年9月底认定下来，依据当事人对本决定不服，可收到工伤认定书60天内申请行政复议和3个月之内向法院行政诉讼。我们已经过了时效了，还能撤销再申请总公司为用人单位吗。