我公司2012年前与一个A公司合作,把项目分包给A公司,A公司将项目成果提交给我公司后,我公司直接给

2012年5月后,因A公司不能按时提交项目成果,我们也停止了与它的合作.A公司的员工甲在2012年5月前因为一直被A公司列为员工,因此也就被列入我公司的职工，2012年5月我们与A公司不合作后，员工甲也就没列入我公司的员工。
    但2012年7月份 这个员工甲突然给我公司来电话说我们用了他的身份证，我们感觉很气愤，目前员工甲已经向地税局投诉我公司，需要我公司写清情况，我公司感觉一直是被A公司欺骗，寻找A公司时发现已经于2012年6月倒闭。那么我公司该怎么向说明？我公司该承担哪些处罚？处罚有怎样的比例？当地税局给与员工甲回复后，员工甲是否还会一直追诉，我公司该怎么办？