自建房与隔壁的纠纷

二十年前取得宅基地时，和邻居有书面合同，约定以后二家人建房时每一层的高度彼此相同。邻居家取得宅基地后就建房了，但我们土地一直空着。 目前已建好一层，一层高度比邻居高30cm，想继续建二层时与邻居产生纠纷,邻居要求我们二层总高度需要一致。
想咨询的问题：
1.  20年前农村集体批的土地，现在才开始建房，土地所有权还有效吗，？取得土地证时并没有约定什么时候需要盖房。而且目前已盖了一层，国家是否有权收回土地？
2. 与邻居20年前的合同目前还有效吗？20年前的约定（建房时二家人房子高度一致）是否还受法律保护？
3. 与邻居的纠纷目前无法协调解决，是否由邻居向法院起拆？
4. 农村自建房，对于每层的高度，有相关的规定呢？