土地纠纷问题

尊敬的孙律师您好：
    我是一名军人，山东人，现在外地服役，家中父亲因2004年承包村里梁某的8分地，产生纠纷。母亲去世，父亲也快60岁了，一人在家种田很辛劳，一生只会和土地打交道，为人谦和老实，从不得罪人。我在外服役很少回家，根本照顾不了自己的父亲，父亲也找过梁某想好好协商过，但是人家不领情，非要被占用的2分地，还威胁说要打人。因为出现了承包土地纠纷得不到尽快解决，我很怕父亲经不住他的威胁，身体受到伤害。我对法律知识也不懂，有几个疑问希望徐律师帮忙解答。
土地承包合同如下：
合同承包地
  甲方：梁某
  乙方：承包人
  乙方承包甲方13亩地上段8分地，每亩120元，承包期为15年，2004年至2018年，先付5年的款600元，后10年到承包期满一次性付清1200元，上苗归乙方，土地归甲方，违约者罚款2000元。
甲方：梁（签字加手印）
乙方：签字
证明人：签字

    2012年被政府部门占有2分地，共补偿金额6000余元，（其中补偿土地每亩按1000元计算，补偿果树每棵440元计算，）共占用2分地10几棵果树。请问这样的纠纷该如何处理？？（谢谢）
问题1、合同上的上苗（果树）15年内是否应该属于承包者的？所得的果树补偿款是不是归承包者所有？
     2、被政府占用的2分地该怎样处理？如何分配？（乙方非要被政府占用的2分地，是不是无理取闹？）
     3、被占用的2分地被政府部门占用时是乙方的父亲签的字生效吗？因为乙方本人当时不在家。（乙方说自己不知情不同意。）；我想说的是既然是政府部门占用，他的父亲是他的直系亲属，应该生效，再说就算乙方本人当时在场，政府部门占用土地难道他不会签字吗？这该如何处理？
     4、现在政府部门占用土地及果树款还在村书记手里。（说双方没有协商好，不能给补偿款）该如何解决？
以上是我的疑问，希望孙律师从专业的角度分析像我家这样的纠纷该如何解决？？（谢谢）