取消乡镇企业管理费后国家相关部委文件的关联性

.我们是云南省昭通市镇雄县原乡镇企业管理局职工，参加工作的渠道为大中专毕业生分配和退伍军人安置，原人事局分配工作的公文规定：“我们的工资来源为企业管理费，身份为工人编制。”也就是乡镇企业管理费（我们的工资列支渠道）。这些依据为“农业部、财政部1988年5月27日印发《乡镇企业管理费提取、解交和管理办法》的通知，”该文第六条规定：“管理费的使用，应本着节约的原则，主要用于：补助乡镇企业主管部门未列入行政编制人员经费开支；等等”第八条规定：“乡镇企业管理费在很大程度上解决了未列入行政编制人员的经费弥补了国家财政支出的不足，各地应足额收取，加强管理，按期解交，不得拖欠。”之后，2001年财政部、国家计委以“财综【2001】78号”文取消了“乡镇企业管理费的收取”，该文第三条规定：“上述收费项目取消后，有关部门和单位开展相关工作所需经费纳入同级财政预算，由财政部门酌情解决。”各地对落实此《通知》精神不一，引起全国各地类似人员到京上访。2008年3月4日，农业部乡镇企业局以“《关于取消乡镇企业管理费后基层乡镇企业行政管理部门建设和工作情况的报告》”向国务院行文，“建议国务院减轻企业负担部 际联席会议协调财政部、国家发展改革委员会就2001年《通知》（财综【2001】78号）的落实措施作出相应的补充规定，从政策上解决乡镇企业行政管理部门工作经费问题。”为此，2008年财政部、国家发展和改革委员会出台了“财综【2008】78号”《通知》，该文第二条对取消和停止征收后，所需要的经费不但“由同级财政预算予以保障."还对如何安排支出都有明确的规定。
    但是，我县在处理我们工资待遇问题之时，相关领导对上述三个文件（农业部乡镇企业局1988年5月27日的发文、财综【2001】78号、财综【2008】78号”的理解，认为“工作经费不包括工资，三文件没有关联性，在法律上行不通。”
    在此万般无奈的情况之下，我们只有向有关法律专家们求救，望你们广施仁爱之心，为我们解答此事。