关于没有办理房产证只有建房证和土地使用证的问题！

2006年。我们在常州溧阳购买了一套房子。当时因为土地使用证和建房证还没到手，所以合同商定“当土地使用证和建房证办妥后，付清剩余款项”中间因为开发商和房管局的债务问题。所有小区都没拿到房产证！还有原户主因为是当时自己的房子拆迁补给了几套房子。所以他和开发商有一些矛盾。导致证件没拿到。所以期间威胁我们是安置房，协议无效。要我们付清余款。当时咨询了相关人士。没有付款！！！所以他也一直没所谓的起诉。
   现在说两证到手了。让我们付清余款。同时把证给我们。但问题出现了。证件是他的名字！还有就是房产证据说要开发商统一办。那么我们该付款吗？两证该拿或者过户吗？可以过户吗？不能过户怎么办！拿着他名字的两证有利益保障吗？还是我们签订什么补充协议？