你好，关于农村宅基地的问题

我爸在1988年获批宅基地一块，因为1992年因外出原因，准备将宅基地上未完工的建筑物进行转让。在村干部组织下，于当年与同村甲某签订一份转让协议：宅基地以互换形式，甲某于2-3年后以甲某名义申请宅基地给我爸建房；宅基地上未完工房屋以2000元转让。在1995后我爸多次催要宅基地，甲某以没钱申请宅基地为由一直拖着，后甲某去世，现房子由甲某儿子所住。现在法律越来越完善，我爸已经批不了宅基地，而且用他们批的宅基地也属违法，并且获取不了不动产权证。
1.针对这个事件，私下协商最好的合法处理方式是怎么样的？
2.如果协商不了，合法的维权途径是怎么样的？
3.我爸在合法的情况下可以直接拿回他自己名下的宅基地吗？
4.宅基地上房屋归属会如何判决？
5.如果房屋是归我爸，协议是跟甲某签订，需要给甲某儿子补偿吗？补偿的费用如何确定呢？
6.由于甲某一直拖欠，以至于我家一直没地方住，以租房过日子，是否可以让对方补偿？
7.如果双方协商通过，是否还需要签订另外的协议？
8.问题解决后还可以办理农村不动产权证吗？