工作调动问题，怎么处理？

2006年12月本人由总公司调来异地，跨地区分公司工作，总公司一直没有出具解除劳动合同文书，在分公司工作至今！社保也于2009年转来分公司，!
A:2011和分公司，签定了2年劳动合同，两份都有公司保存！s问题：本人手上没有合同，能不能用
第十六条 劳动合同由用人单位与劳动者协商一致，并经用人单位与劳动者在劳动合同文本上签字或者盖章生效。 劳动合同文本由用人单位和劳动者各执一份。第八十一条 用人单位提供的劳动合同文本未载明本法规定的劳动合同必备条款或者用人单位未将劳动合同文本交付劳动者的，由劳动行政部门责令改正；给劳动者造成损害的，应当承担赔偿责任。

现在感觉分公司，很多条件都不怎么理想几年来感觉非常不适应，也没有前途，口头说过几次想回总公司工作！公司不同意！而且2011年，公司把工资分成两部分，一部分为最低工资标准，另一部分为乱七八糟的的补贴，！上个月又从后面那部分出来300做绩效考核，变着法扣钱，我扣了80多块！
手头有总公司工作证，还有2006年劳动合同一份，工作地点注明深圳！
1：请教可不可以申请回调总公司工作，但是总公司没有相同部门了！
2：或者公司不同意，会有什么补偿！
3：能否在总公司申请仲裁！