2007年我父亲从同居民组转让了房屋，土地，山林，转让方是2004前后父母去世

1. 关于协议效力问题，根据《民法典》规定，民事法律行为有效的条件包括行为人具有相应的民事行为能力、意思表示真实、不违反法律行政法规的强制性规定且不违背公序良俗。从描述来看，2007年转让时，转让方儿子作为家产处理人，与你父亲签订协议，且你父亲已按协议付款并办理了相关证件，协议本身在当时符合有效要件。
2. 至于小妹起诉称协议无效，需看其具体主张依据。若小妹主张其不知情或未同意，但2007年协议签订时小妹户口尚在，且直至2013年才迁出，期间未有明确反对表示，可视为对协议的默认。若小妹主张违反法定程序，需明确指出具体违反哪项规定。
3. 解决方案方面，建议你父亲积极应诉，提供当时签订协议时的详细情况说明，包括与转让方沟通协商的过程、付款凭证、办理证件的流程等证据，证明协议的合法性和有效性。同时，可尝试与小妹协商，了解其诉求，争取通过协商方式解决纠纷，避免诉讼带来的更多麻烦和成本。

可以依法维权的

你好，小妹主张协议无效可能涉及无权处分。若转让时小妹户口在且未签字，可能影响协议效力，但父亲已办理证件且小妹2013年迁出未提异议，可主张善意取得或时效抗辩。建议收集付款凭证、权属证、小妹迁出后未主张权利的证据，积极应诉。

关于您父亲2007年购买的房产、土地、山林被转让方小妹在2025年起诉要求确认协议无效一事，其核心争议点在于当年的转让行为是否合法有效，以及您父亲的权利能否得到法律保护。以下是对案情的具体分析。
核心法律争议点分析
这份转让协议的效力，主要取决于处分人是否有权处分、以及您父亲作为受让人是否构成善意取得。
法律焦点对您父亲有利的因素对您父亲不利的因素 / 对方可能的主张​处分人（儿子）的处分权​儿子作为主要家庭成员和继承人之一，处理已故父母的遗产，可能被认为是为了管理和处置家族财产。如果小妹在转让后长达十几年未提出异议，可能被视为默示同意或放弃了权利​。该财产为父母遗产，在未进行合法分割前，属于全体继承人共同共有。儿子未经其他共有人（小妹）明确同意，擅自处分全部财产，属于无权处分​。​您父亲的善意取得​您父亲支付了合理价款，并取得了付款凭证、老权属证书等文件，还据此办理了新的证件，这表明他可能有理由相信儿子的处分行为是合法的。转让发生在同村居民组内部，基于农村熟人社会的信任关系，其“善意”的主张更容易被理解。小妹的户口一直在当地，您父亲在受让时是否尽到了审慎的注意义务​（例如，是否询问过其他共有权人意见）是关键。对方会主张您父亲明知或应知小妹的存在却未征得其同意，不构成“善意”。​物权登记的效力​您父亲已经办理了相关的权属证件，完成了物权公示。根据物权法的公示公信原则，这具有很强的法律效力。如果当时的登记程序存在瑕疵（如未通知其他共有人），小妹可以主张登记基础（转让协议）无效，进而要求撤销登记

小妹主张协议无效需举证证明其享有涉案不动产权利且转让未经其同意。你方应提交转让协议、付款凭证、已办理的权属证书等证据，证明转让系有权处分且已完成物权变动。若小妹户口迁出前未实际占有使用涉案不动产，其主张可能难以成立。