已辞职，公司要求赔偿是否合法

各位尊敬的律师，您好！我7号在深证成霖股份有限公司辞职。公司辞职后3日内应结算我的工资。过了时间却未支付。6号我去打电话咨询。公司告知我辞职时 我有把生产用的CNC程序删掉了 给公司生产产生了影响。公司要从我工资里面扣除损失 剩余的那部分以现金形式去领取。请问公司这样做是否合法？如需赔偿有无法律标准？
上面提到的我把CNC程序删掉了（程序是我编写的）我也是一时气愤才有这举动。因我在公司长期受到不公。
大致有以下几点：
1 公司未支付我的工资却没第一时间通知我，我不打电话公司我都不知道这事情。
2我当初面试的是CNC技术员，工资是谈拢了。但是工作一段时间才知道公司给我的是普工职务。这也为以后工作职责混乱不清埋下伏笔。
3 公司逢年度调薪时因上原因造成无法调薪。因我的职务是普工 工资已经超过了普工一部分。
4我部门主管强硬长期安排我做普工的工作（在我看来那个不属于我工作责任范围 普工的事情是我做 有技术上的问题我又必须第一时间去处理。到后面一个人处理两个部门的技术工作，期间，我工资一分未涨.

综上几点原因 我有两个疑问：假如我是技术员，公司是否有权利让我长期做普工职责所做的事和处理其他部门的技术工作?假如我是普工 我是否有义务给公司做技术上的工作。那辞职时我把我自己所编写的程序删掉是否是我的责任 ？
成霖公司作为一上市企业，这么不负责任，让我感到有点郁闷。我需要怎样才能维护我们一小螺丝钉该有的权益。请各位律师指点下，在下感激不尽了！