2007年在自家宅基地上边批边建，现已建成，想办两证，能补办吗？怎么补办？

基本情况：我家是农村户口，四口之家。在村里有一处木制老宅，以前农村办理土地证时没办，所以没有两证，在村里分到一块宅基地，在公路旁边，加后来跟一些村民调剂宅基地（买过来的），一共110左右平米，至今我家没有住房面积（城市里也没有房产）。
2007年时，我爸想在以前村里分的宅基地上建新房，又想当年建成，所以去土地所办理土地证时，听信当时的副所长的话（潜规则）就边建边批。本来一切的办理手续很顺利，我本村另外两位村民也在建房，他们的情况跟我家差不多，不过由于他们自己的私人纠纷，相互举报，搞得他们没批下建房证，都没建成房子，停建了。没多久相关部门来砸村里所有在建的房子（也不知道到底是些什么人），我妈最后通过关系保住了我家的房子没被砸，我家房子当年安全建成了。同时，当时我爸也跟土地所的副所长联系，副所长叫我爸等一年后再帮我家办土地证，就搁下了。第二年，我爸再跟那个副所长联系时，他说只能批给我家不到20平米的土地证（公路红线内的面积），不过公路方面的7、8千罚款也交了，（我村里也有在公路边建房，他们是老房拆建），我爸觉得不合理，就没去办理了。可以说我们镇（包括我村里）那几年建的新房子基本没合法手续，除了老房拆建，我家也是带有跟风的嫌疑。至今都搁着，现在我家又想办理两证，还能补办不？走哪些程序？毕竟有证心里才踏实。希望，各位律师大大帮帮忙或者一些建议。