请问：农村水田建房合法吗？！如果有关部门不管应怎么办？

您好！
近些年农村水田建房可谓一派欣欣向荣，遍地开花，之前没停止过，之后估计也不会再停止！
请问：农村水田建房合法吗？！

如果在江西遂川是合法的，那为什么国务院“基本农田保护法”第十七条又明确规定：禁止任何单位和个人在基本农田保护区内建窑、建房、建坟、挖砂、采石、采矿、取土、堆放固体废弃物或者进行其他破坏基本农田的活动。

为什么会自相矛盾？难道地方法可以凌驾于国家法之上？！莫非这个是地方特色？
如果农村水田建房是不合法的，那为什么在五华很多很多地方只要村民出点钱，就都可以在水田里建房？！违法的事实长期摆在眼前，那些所谓的相关职能部门都干什么去了？典型的不作为！
我住江西遂川西溪乡文坳村，当地的房子基本都是在水田里，建房时，按要求每平方米交多少钱，就可以继续建了。应该承认，相关部门在这方面是很作为的，收钱时一家都不可能落下！