这笔钱我应该赔多少？

本人是钟楼某医院编外人员，呈出外进修11个月，进修协议中规定：进修归来必须为单位服务十年，十年内调动、辞职单位即追回进修期间培训费，工资、年终奖等。进修完我又继续工作了1年半，现在考到事业编制需要办理辞职，原单位扣押了档案要求赔偿全年收入，就几个问题寻求咨询：
1.《劳动合同法》第二十二条规定的专项培训是怎么定义的，本人放射科工作，因单位需求要求转B超，进修乃是上岗前的学习培训，本专业知识并未得到提高，是否是否属于协议内的专项培训。
2.实际培训期间并未产生相关培训费，也属于脱产学习，该如何赔付。
3.合约里没有明确写明违约金，而是直接写的赔付进修期间工资、年终奖等，这是否合理。
4.院方现给出的赔款清单包括我进修期间所有工资（含三金个人部分和单位部分）、年终奖及各节假福利，这是否合理，具体应该赔付哪些东西而哪些是不必要的，望解答。
另院方咬定这个金额，扣押了档案，我该怎么办。也咨询过仲裁，他们也没法管档案的调动，都是要求跟单位协商，但现在协商不了，单位咬死赔钱放档，我该怎么履行自己的权利呢，求解，万分感谢！