钢架厂方建设质量问题

你好，我想咨询一下，我作为甲方把工程（钢架厂方）全权承包给了乙方，现在工程完工了，经我方验收存在严重质量问题，要求他进行整改，他声称无法进行整改了。现在乙方要收工程款，并提出两个方案：1、愿意减免一部分工程款（并签订质量保证协议，）。2、自行拆除钢架。3、按照最初签订的合同执行。  
当时签订的合同上面有一条是“签订合同付乙方百分之20工程款，材料进场付百分之50，安装完毕经甲方验收无任何质量问题付清余款”还有就又一条“工程施工完毕甲方须在10日内付清全部款项，要不就每推延一天加收百分之3的滞纳金，推迟一天完工也是每天扣除乙方百分之3”，我方并没有按照合同写的分期按照百分比的付款，只是签合同后按合同付了第一笔款项，第二笔款项付了一部分，但是乙方中途也从未催促我们付款，我方就想最后完工后算出最终的价格后一次性付款。我想咨询的是：1、乙方拆除钢架的话因此给我方带来的经济损失可否找乙方索赔？可否要回已经支付给他的工程款?  如乙方拆除乙方可否按照合同签订的找我要滞纳金。2、乙方不进行拆除和整改，他可否直接找我要滞纳金和合同签订的材料进场所应付款项。3、还有如果让他写保证协议应该怎么写？  谢谢！