被空投支票了怎么办？写申诉有用吗？

事情是这样的，我公司买对方公司的货物，当时谈好日期，开了一张远期支票，由于收款困难，在支票到期的前一日还未收齐款项，于是跟对方商议延期并支付利息，对方也愿意了，确没有及时和财务取得沟通，然后财务于支票到期日当天一早就将支票投进银行了。

知道这事后，我们立马跟各个合作公司商议筹款，以保证款项在当天而不被空投，经过不懈努力，我们在当日下午16：04分终于将款凑齐。但是于今天还是被正式告知那张支票以余额不足的理由被退票，也就是说我们的支票被空投了。

我想知道像这样的情况我们可以做什么以阻止不被罚款或少罚，另外想问下这样的情况写申诉书去人行申辨有用吗？