已经办理准生证，因为女人有妇科病，想做试管婴儿，请问医院会同意做试管婴儿吗？

农村户口也不会允许你生二胎。

可以，但必须找有资质可以做试管婴儿的医疗机构进行，不是所有的医院都有资格和技术做试管婴儿的。
有妇科哪方面的疾病，做试管婴儿有诸多条件的，你最好了解清楚再做决定，因为：一是费用高；二是试管婴儿照样是在母体内怀胎10月的。