银行审批时查出信用有问题无法贷款

今年5月份准备买房，房产商让去银行查询信用以签订合同，去指定的农业银行查了，说没有问题，房产商审批也没问题，随即交了首付，并签订了购房合同，然后在指定的建设银行申请贷款，并办理完了整个手续，等待贷款下来。
谁料到，等到9月份的时候，银行说我老婆信用有问题，贷款不予审批。后来了解到是她上大学期间办理助学贷款2700元，毕业后因对银行规定的还款方式理解有误，导致中间有信用出了问题。我们找了助学贷款的银行，并马上将余款全部换上，同时助学贷款的银行也给开了证明，证明违约不是恶意的，但是现在房子贷款的银行不认。
目前的情况是贷款若是下不来（我们也没能力一次支付），房产商就要扣我们十多万的钱，我想问下，我们怎么能避免这种损失，况且房产商都是核实信用没问题才签合同的，那么这个损失要有我们承担吗？