对方以我公司员工盗窃为由，拒付公司货款，公司起诉对方会赢吗

对方拒付我公司最后三个月的维修服务款，近2万元。理由是我公司员工盗窃。
我公司员工在对方公司维修时，将对方报废设备拆下的配件在没有告知对方公司也没有发行条的状况下发回公司维修。所以拒付我公司货款。
（因故障配件免费维修，有时会未告知对方就发回公司维修，并返回对方公司，这种违规状况在以往的维修服务中也存在）
注：该物品是报废设备上拆下的，已经无法维修，就算新品也才1000左右。
就算员工盗窃，对方有理由拒付我公司货款吗？要如何起诉。