公务员考试考上卫生系统单位被原单位扣档案索要了12万，该怎么办？

09年研究生毕业，自带档案回来，到当地县城二级医院工作，还未到人事局报到，院方要求将档案交给医院档案室。工作3个月后与医院签合同，当时高兴签了字，医院并没有给自己一份合同，合同具体内容不详，期限是3年（也可能2年）。之后并没有续签合同。2013年初由省中医药局出资到北京进修中医。期间报考事业单位公务员考试，并顺利考上市卫生系统单位，步骤到政审时需要提档，原医院已各种理由不放档案，并临时编造若干条医院规定（该医院常干的事），搜要16万多，经各种讨价还价，最后以12万一手交钱一手交档案，要钱的理由为：1，工作期间医院给交了三险并按正式待遇发工资，2，外出学习期间医院照常发放工资及奖金累计2万多。按照医院规定把超过临时工所发的全部工资和各种保险以及外出学习期间发的全部工资加倍返还。因为医院的临时工都是半工资半奖金，这样的话我4年挣得全部工资都得给他还不够。
之后到市人事局办手续又出问题，原因：毕业后应持报到证到人事局报到，可是档案当时直接交给了医院，报到证一直在家里放着以为医院把所有的手续都办好了，用不到了报到证了，当时就没在意。如今人事局说报到之日开始算工龄，每年都会有定级表，科室我的档案在原医院档案室沉睡了4年原封未动。按我现在的情况相当于刚毕业的研究生重新报到，4年的工龄没了，主治医师证去年刚考下来也不一定能挂钩，这一切都是有原单位办事不合法造成的，自己这方面的各种损失是否可以索赔？
各种不合理不合法，难道就不能讨个公道吗？没天理。。。。。。该怎么办？现在留有交款12万的收据，到医院要当年的合同时，档案室以合同是早已过期，之后也并未续签为由没有给合同，收12万时院长就跟财务室说了一声给他开个12万的收据，财务室郁闷了半天也不知道该怎么开，医院的这个进账估计也是不合法的，是否能能追回我缴的12万，能否到上级纪检委和审计部门举报医院的这种行为？最重要的是普通老百姓跟事业单位打官司是不是会很吃亏？