合同纠纷 拖欠工程款

甲方恶意拖欠工程款，钢结构油漆防腐施工，施工质量当时是经工程总监理、甲方代表检验合格在工程进度单上签字确认的，最大的失误在于我方完工后未提交竣工验收，完工时间到现在已经超过两年，当时工程安装完工就已经开始使用了，甲方仅支付了我们百分之三十的工程款，剩余部分一直拖欠，无奈我们起诉至法院，但甲方当庭坚持说，工程未使用，并说工程质量不合格，要求质量鉴定，（在这两年时间里甲方从未提出工程质量有问题）
虽然双方都清楚工程早已投入使用，但工程投入使用的证据我们也很难拿的出来，另外我们当时施工属于第二道工序，在我们完工后，经工程监理和甲方代表检验，质量合格签字，我们施工完成的工件会被运走，运到现场安装，但工件移交我们也拿不出证据，上述情况下，我们下一步该如何办呢？