农村校舍危房个人购买后办理房产证

前几年，江津区石蟆镇农村小学全部合并到乡镇，村里校舍闲置几年后成了危房，校方主动将危房卖给我家（个人）。当时说是不能即时办理房产证过户，只签订了房舍及操场等地的买卖协议，协议上明确说明了房舍及操场范围。现在江津区说是有了政策，可以办理房产证过户，通知我们去办理。但是去了以后，说是当初房价太便宜，现在要我们去做资产评估，如果价格高了还要补差价，才给过户，并且还要交税。这是否合理？想咨询这种情况下，房产证过户的正常手续应该是什么样？如果还要补差价，搞评估，当初的协议岂不是儿戏，天理何在？老百姓权益何在？