如何办理有争议购房合同的房产证

您好，我是江苏省大丰市新丰镇的居民，2001年5月份我家自有营业用房需拆迁，当时签署的协议明确写道“安置价每平方米安置系数72*2500元，每平方米2500元为暂定平均价，在有权部门确定及开发商公布后按实结算。”并交纳了预售总价的70%预付款。
    在拿钥匙前我们得知除了我们部分拆迁安置的营业用房外，其他的营业用房的市场售价均比我们拆迁安置的价格低，我们东隔壁的“王成新”业主就是以每平方米1900元的价格购得的，因此我们认为购房协议中的第二条a款所写到的“2500元”的暂定价应该可以变更为至少不大于“王成新”购房单价1900元的价格，总不至于拆迁安置的价格还比市场价高出31.5%吧，于是在交纳剩余房款时与村镇建设办公室理论多回而无果，终究导致后来在办理房产证时为此事耽搁下来了。在此期间曾多次到村建办请求按合同解决此事并办理房产证都没能实现，因当时签署协议的是我父亲，他已于今年3月9日离开人世，请问律师这事该如何处理，谢谢！