我哥有两个户口需要注销一个，但牵扯到一个刑事案件还有工作不知道如果选择

我哥12年前被几人群殴，防卫中误伤一个人致死。12年中有死刑改成无期再改18年。头五六年家里为了跑我哥的事，积蓄都花完了。后来就只能不断上访但是无济于事。这四五年也没跑了。但是一直感觉挺冤的。 现在又有个棘手的问题。前天接到派出所通知，查到我哥有两个户口，要注销一个。一个城镇，一个农村。坐牢的档案是跟着城镇的。现在问题是要注销哪个？一、如果把城镇户口给注销掉，他的档案是不是也消失了，意味着他就没有案底了吗？以后出来就用农村户口？二、  如果城镇户口注销了，目前还在牢里会不会受到影响，出来后还能申诉案件吗？或者不等出来，在坐牢期间还能申诉吗？三，出事前，在区政府工作。出事后找人给他停薪留职。想知道，出来后这份工作还能上的几率有多大，因为如果城镇户口一旦注销，也就上不成了，工作是跟着城镇户口的。  四、农村目前有2亩多地，和粮食补贴。  希望专家能帮我解决这些难题。