长期非法霸占他人耕地建房

律师您好：
  97年时我父亲与大伯家有过口头协议，当时我们两家土地相连并在一起可以造房子，当时就说过谁家要造房子就把老房子匀给另一户人家，当时他们夫妻都是同意的，后来我大伯家造了房子，一直没给我们家匀房子，也没有提起这件事，当时我父亲很相信他们家，另外我们也用不到他们家的老房子也就没吱声。后来我大伯去世至今10几年来，他们家霸占我们家土地快近20年，我也是这两年才听说他们家造的房子土地是我们家的，后来问及我父亲得到证实而且也和我说了口头协议这件事。
  今年正月里因为和他们家吵架才意外发现他们家根本没想过要把老房子移交给我们的想法，当时我就很气愤，他们还在村里宣传说我们和他们家吵架就是为了他们的财产（老房子），但村里人根本就不知道有口头协议这件事，现在我发现我们的土地正在被侵权，一算时间快20年了吓我一跳，现在他们自己在全村宣传我们也不能去要他们的房子，再说我大伯已经去世10几年来也死无对证了，他妻子也不承认有这件事情，现在我打算利用法律途径起诉他们违章建筑和私自霸占他人耕地。
   因年份久远当时都是没有土地证的，但是在村委会还是能查到当时分地点花名册。因我父亲不懂法律而致使侵权如此之久而不提出来，现在我发现了侵权的存在，我能否代替我父亲起诉他们？他家今年公然违背当初定下的协议是他们有错在先请问这样的诉讼时效怎么计算？因为他家是违章建筑但现在违章建筑只要缴纳罚款就可以变成合法建筑，如果他们缴纳了罚款我们还能要回我们的土地吗？侵权怎么久该怎么样让他们赔偿我们的损失？请律师花点时间一一解答，不要一句可以起诉敷衍了事，不胜感激。